Examinando por Autor "Farfán García, Ana Elvira"
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- PublicaciónAcceso abiertoAgentes Bacterianos y Víricos Presentes en Agua de Consumo Humano que Representan un Riesgo para la Salud(2020-12-17) Franco Tamara, Yiseth Dayana; Molano Castillo, Laura Daniela; Sánchez Álvarez, Nayibe T.; Guerrero, Mónica-Yurley; Farfán García, Ana ElviraIntroducción: El agua es un recurso indispensable para el hombre. Su contaminación la convierte en un vehículo de transmisión de agentes patógenos, que pueden relacionarse con enfermedades gastrointestinales, las cuales causan altas tasas de morbi-mortalidad, siendo esto un problema de salud pública a nivel global. El objetivo es revisar el estado actual de la literatura científica sobre la correlación que existe entre la presencia de agentes infecciosos de tipo viral y bacteriano con la calidad del agua de consumo humano. Materiales y métodos: Se realizó la búsqueda de artículos en las bases de datos como Scopus, Pubmed, Science Direct y Lilacs, teniendo en cuenta algunos términos de búsqueda en inglés. Además, se establecieron criterios de inclusión para la selección de documentos y artículos referenciados. Resultados: Los patógenos bacterianos capaces de sobrevivir y reproducirse en el agua incluyen Escherichia coli, Vibrio cholerae, Shigella spp, Salmonella spp, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter spp, Enterococcus spp, Aeromonas spp y Campylobacter jejuni. Del mismo modo, dentro de los principales virus de transmisión hídrica se encuentran adenovirus, enterovirus, virus de la hepatitis A y E, norovirus y rotavirus. Todos ellos responsables de desórdenes gastrointestinales como diarrea, cólera, disentería bacilar y hepatitis. Conclusiones: Las bacterias son las principales causas de infecciones gastrointestinales transmitidas a través del agua potable. Lo que se aprecia menos son los virus en estas mismas fuentes de agua y su impacto en la salud humana.
- PublicaciónAcceso abiertoAnálisis Molecular de Metalobetalactamasa (blaVIM-2) y Betalactamasa (blaSHV-2) en Patotipos de Escherichia coli y Escherichia coli Comensales, Aislados de Niños del Área Metropolitana de Bucaramanga(Bucaramanga : Universidad de Santander, 2021, 2021-09-03) Méndez Arteaga, Ingry-Vanessa; Farfán García, Ana ElviraLa enfermedad diarreica aguda, es un problema de salud pública en niños, con una mortalidad anual de 5 a 6 millones de muertes tiene como principal agente causal bacteriano a E. coli, con la capacidad de adquirir genes (blaSHV-2 y blaVIM-2) codificantes de enzimas Betalactamasas que generan resistencia a medicamentos. Se planteó identificar molecularmente la presencia o ausencia de genes de resistencia para betalactamasas (blaSHV-2), metalobetalactamasas (blaVIM-2), en aislados clínicos de Escherichia coli asociadas a la enfermedad diarreica aguda (EDA) en población infantil de Bucaramanga y su Área metropolitana. Se estudiaron 86 cepas a las cuales se les realizo ensayos fenotípicos (Antibiograma y test de sinergia de doble disco) y genotípicos (Reacción en Cadena de la Polimerasa Simple). Se determinó que en las 86 cepas los antibióticos que presentaron mayor resistencia fueron Amoxicilina y Ampicilina con un 95% y el de menor resistencia fue Meropenem con un 5%. Genotípicamente se encontró que el 54,7% poseen el gen blaSHV-2 y el 38,4% tienen el gen blaVIM-2 y la mayor prevalencia por patotipos en el gen blaSHV-2 fue de ECEH (55%), ECET (37%) y ECAD (36%) y del gen blaVIM-2, ECEP (20%) y ECEI (18%). El presente estudio posee la mayor tasa de prevalencia de los genes blaSHV-2 y blaVIM-2 de Colombia en los patotipos y cepas comensales de E. coli.
- PublicaciónAcceso abiertoAntimicrobial activity of Ib-M peptides against Escherichia coli O157: H7(PLoS ONE, 2020-03-13) Prada Prada, Sergio Alfonso; Flórez Castillo, Johanna-Marcela; Farfán García, Ana Elvira; Guzmán, Fanny; Hernández Peñaranda, Indira Paola; CLINIUDES; CIBASThe development of new antimicrobial peptides has become an attractive alternative to conventional antibiotics due to the increasing rates of microbial drug resistance. Ib-M corresponds to a family of cationic synthetic peptides, 20 amino acids in length, that have shown inhibitory effect against the non-pathogenic strain Escherichia coli K-12. This work evaluated the antimicrobial potential of Ib-M peptides against the pathogenic E. coli O157: H7 using a reference strain and a clinical isolate. The Ib-M peptides showed antibacterial activity against both strains of E. coli O157: H7; the minimum inhibitory concentration of Ib-M peptides ranged from 1.6 to 12.5 μM and the minimum bactericidal concentration ranged from 3.7 to 22.9 μM, being Ib-M1 and Ib-M2 the peptides that presented the highest inhibitory effect. Time-kill kinetics assay showed a reduction of the bacterial population by more than 95% after 4 hours of exposure to 1xMIC of Ib-M1. Low cytotoxicity was observed in VERO cells with 50% cytotoxic concentration in the range from 197.5 to more than 400 μM. All peptides showed a random structure in hydrophilic environments, except Ib-M1, and all of them transitioned to an α-helical structure when the hydrophobicity of the medium was increased. In conclusion, these findings support the in vitro antimicrobial effect of Ib-M peptides against the pathogenic bacteria E. coli O157: H7 and prove to be promising molecules for the development of new therapeutic alternatives.
- PublicaciónAcceso abiertoAntimicrobial activity of Ib-M peptides against Escherichia coli O157: H7(San Francisco : Plos One, 2020., 2020-02-13) Prada Prada, Sergio Alfonso; Flórez Castillo, Johanna-Marcela; Farfán García, Ana Elvira; Guzmán, Fanny; Hernández Peñaranda, Indira Paola; Universidad de Santander; Iddya Karunasagar, Nitte University, INDIAEl desarrollo de nuevos péptidos antimicrobianos se ha convertido en una alternativa atractiva a los antibióticos convencionales debido a las crecientes tasas de resistencia a los fármacos microbianos. Ib-M corresponde a una familia de péptidos sintéticos catiónicos, de 20 aminoácidos de longitud, que han mostrado efecto inhibidor frente a la cepa no patógena Escherichia coli K-12. Este trabajo evaluó el potencial antimicrobiano de los péptidos Ib-M contra el E patógeno . coli O157: H7 utilizando una cepa de referencia y un aislado clínico. Los péptidos Ib-M mostraron actividad antibacteriana contra ambas cepas de E . coliO157: H7; la concentración mínima inhibitoria de los péptidos Ib-M osciló entre 1,6 y 12,5 µM y la concentración bactericida mínima osciló entre 3,7 y 22,9 µM, siendo Ib-M1 e Ib-M2 los péptidos que presentaron mayor efecto inhibidor. El ensayo de cinética de eliminación del tiempo mostró una reducción de la población bacteriana en más del 95% después de 4 horas de exposición a 1xMIC de Ib-M1. Se observó una baja citotoxicidad en células VERO con una concentración citotóxica del 50% en el rango de 197,5 a más de 400 μM. Todos los péptidos mostraron una estructura aleatoria en ambientes hidrófilos, excepto Ib-M1, y todos ellos pasaron a una estructura α-helicoidal cuando se incrementó la hidrofobicidad del medio. En conclusión, estos hallazgos apoyan el efecto antimicrobiano in vitro de los péptidos Ib-M contra las bacterias patógenas.E . coli O157: H7 y resultan ser moléculas prometedoras para el desarrollo de nuevas alternativas terapéuticas.
- PublicaciónAcceso abiertoCaracterización genotípica y fenotípica de cepas emergentes de Escherichia coli aisladas de niños con diarrea en Bucaramanga y su área metropolitana, Colombia.(Bucaramanga : Universidad de Santander, 2016, 2016-10-21) Arias Guerrero, Monica Y.; Gómez Duarte, Oscar Gilberto; Farfán García, Ana ElviraAcute diarrheal disease (ADD) remains a major public health problems in developing countries. Among the infectious agents that cause this disease are bacteria, viruses and parasites. Bacterial agents take second place enteropathogenic Escherichia coli standing out among the most important. Currently, six strains with different pathogenic mechanisms are associated with diarrhea enteropathogenic E. coli (EPEC), shiga-toxin producing (STEC), enterotoxigenic (ETEC), enteroinvasive (EIEC), Enteroaggregative (EAEC) and diffusely adherent (DAEC), each with a specific set of virulence genes. However, there have been outbreaks of ADD caused by E. coli strains different from the known pathotypes, called emerging strains. These outbreaks have been reported in Germany, Europe, Argentina and recently in Cartagena, Colombia, suggesting that these strains circulating our environment, so it is necessary to characterize these emerging strains. Objective: To characterize genotypically and phenotypically two emerging strains of E. coli isolated from diarrheal samples in children under five in Bucaramanga and its metropolitan area, Colombia. Methods: A descriptive study was conducted at the genetic and phenotypic two emerging strains previously isolated from a case-control study conducted between July 2013 and December 2014 in Bucaramanga and its metropolitan area. In this study, two emerging strains were characterized by phenotypic and genotypic different methods like MLST analysis, virulence gene sequencing, serotyping, biofilm formation, actin polymerization, adhesion tests and antimicrobial susceptibility. Results: genotypically and phenotypically characterized two emerging strains of E. coli mixed genotype. The first one enteropathogenic E coli enteroaggregative-mixed based on its genotype and phenotype of adhesion assays in HeLa cells and the second a strain of enterotoxigenic E. coli enteroaggregative-mixed based on its genotype and expression of LT. Keywords: Diarrhea, Escherichia coli, pathotypes, emerging, Colombia.
- PublicaciónAcceso abiertoCase-Control Pilot Study on Acute Diarrheal Disease in a Geographically Defined Pediatric Population in a Middle Income Country(New York : Hindawi, 2017, 2017-08-10) Farfán García, Ana Elvira; Zhang, Chengxian; Imdad, Aamer; Arias Guerrero, Monica Y.; Sánchez Álvarez, Nayibe T.; Shah, Rikhil; Iqbal, Junaid; Tamborski, Maria E.; Gómez-Duarte, Oscar G.; Universidad de Santander; Hans Juergen LawsLa enfermedad diarreica aguda (EDA) es una causa común de morbilidad y mortalidad en los niños menores de 5 años. En la mayoría de los países de ingresos bajos y medios no se comprende la etiología del TDA porque los laboratorios de referencia detectan un número limitado de patógenos . El objetivo de este estudio fue determinar la viabilidad de realizar un estudio integral de casos y controles para examinar los patógenos diarreicos entre los niños con y sin TDA de moderado a grave. Materiales y métodos. Se utilizaron técnicas microbiológicas y moleculares para detectar enteropatógenos virales, bacterianos y parasitarios. El estudio se realizó en Bucaramanga, Colombia, luego de obtener la aprobación del Comité de Revisión Institucional. Resultados.Se reclutaron noventa niños menores de 5 años después de obtener un consentimiento informado por escrito de los padres o tutores. Cuarenta y cinco sujetos sirvieron como casos con ADD y 45 como controles. Treinta y seis sujetos de 90 (40,0%) fueron positivos para al menos un enteropatógeno, es decir, 20 (44,4%) casos y 16 (35,5%) controles. Conclusiones. Los tres patógenos entéricos más comunes fueron E. coli enteroagregativa (10.0%), Norovirus (6.7%) y Salmonella spp. (5,6%). Los patógenos de E. coli fueron el 18,8% de todas las infecciones, lo que los convierte en los patógenos más frecuentes. La mitad de los casos de TDA fueron negativos para cualquier patógeno.
- PublicaciónRestringidoDescripción estructural de proteínas mutadas del sistema AcrAB de la bomba de eflujo en aislados clínicos de Escherichia coli con diferentes patrones fenotípicos frente a Quinolonas y Fluoroquinolonas(Bucaramanga : Universidad de Santander, 2019, 2019-11-29) Ramírez González, Yudith Marcela; Rincón León, Jacqueline; Farfán García, Ana Elvira; Trejos Suárez, JuanitaLa resistencia a los antibióticos es un problema de salud pública a nivel mundial, que ha aumentado exponencialmente con el paso de los años. La expresión de diversos mecanismos de resistencia en bacterias como E. coli, ha generado la disminución de la efectividad de antibióticos y el incremento de las estancias hospitalarias. Uno de los mecanismos de resistencia son las bombas de eflujo, que funcionan expulsando el antibiótico hacia el medio extracelular para evitar la muerte bacteriana. Objetivo: Describir los posibles cambios estructurales en las proteínas mutadas del sistema AcrAB de la bomba de eflujo de los aislados clínicos de E. coli mediante análisis bioinformáticos de proteínas. Metodología: En este estudio se utilizaron cepas de E. coli de aislados clínicos pediátricos con patrones de resistencia frente a Ciprofloxacina y Ácido nalidíxico. Se identificaron los genes acrA y acrB de la bomba de eflujo AcrAB-TolC mediante PCR simple y Electroforesis. De estos aislados se escogieron a conveniencia 9 productos amplificados para secuenciar para cada gen. Por último, se utilizaron herramientas bioinformáticas para analizar cambios estructurales en las proteínas de los aislados utilizados, con respecto a la proteína nativa de cada gen. Resultados: En 63 de los 66 aislados clínicos se identificaron los genes acrA y acrB, y se confirmó la presencia de estos con la secuenciación de 9 aislados escogidos a conveniencia para el gen acrA y acrB, respectivamente. A partir de las secuencias obtenidas, se determinaron las regiones conservadas y posibles zonas de mutación con los alineamientos de las secuencias de ADN. Al traducir dichas secuencias alineadas a proteínas, se evidenciaron los cambios de aminoácidos, los cuales fueron demostrados con la predicción de las posibles estructuras secundarias de las proteínas AcrA y AcrB de los aislados estudiados. Conclusiones: Se describieron los posibles cambios estructurales de las proteínas AcrA y AcrB de la bomba de eflujo AcrAB-TolC de los aislados clínicos de E. coli y la presencia de cambios notorios en los aminoácidos de 8 aislados.
- PublicaciónAcceso abiertoDetección de agentes virales diarreagénicos en niños menores de cinco años en Bucaramanga y su área metropolitana(Bucaramanga : Universidad de Santander, 2016, 2016-10-21) Sánchez Álvarez, Nayibe T.; Farfán García, Ana Elvira; Gómez Duarte, Oscar GilbertoAcute diarrheal disease (ADD), the highest prevalence in children under five. It can be caused by bacteria, parasites and / or viruses mainly. The diagnosis of gastrointestinal viral infections is limited by the high costs of molecular techniques and the lack of health personnel about its clinical importance. Reported studies of these infections in Colombia are scarce. Objective: To identify the frequency of viral agents associated EDA phylogenetic level and characterize the two most common viral agents. Materials and Methods: From biological material collected from a previous case-control study of 405 children with EDA and 405 controls, an analytical study. Stool samples were processed by molecular methods for the detection of adenovirus, norovirus, sapovirus, astrovirus and rotavirus. Additionally, direct ELISA was used for the detection of rotavirus antigen. Phylogenetic analysis was performed to norovirus and rotavirus by amplifying target gene fragment C region capsid proteins VP4 and VP7 and respectively. Results: Among the 810 samples positive for the virus was detected in 30,1%, 45,4% in cases and 14,8% in controls. The most prevalent virus norovirus GII was 10,9%, followed by rotavirus and sapovirus with 5,1% each. Adenovirus, astrovirus and norovirus GI were detected in percentages ranging from 1,7 to 3,8%. The highest frequency of virus was observed in the age ranges of 12 to 23 months and 24-59 months. GII Norovirus was the most prevalent in cases with symptoms of diarrhea and vomiting in 93 and 88,8% respectively. The most common norovirus genotypes were GI.2 and GII.4 and the most common rotavirus genotypes were G12P8 and G9P8. Conclusions: 6 virus identification was achieved in stool samples of children under five years. The most frequently isolated viral agent was norovirus and most important subtype was norovirus GII. The importance of virus in the epidemiology of EDA and high genetic diversity of genotypes of norovirus and rotavirus in a pediatric population of Bucaramanga and its metropolitan area, Colombia was demonstrated.
- PublicaciónAcceso abiertoEfecto del Péptido Antimicrobiano Ib-M1 Sobre la Membrana de Escherichia coli O157:H7(2021-08-30) Pérez Rivera, Mónica Liliana; Hernández Peñaranda, Indira Paola; Farfán García, Ana ElviraEscherichia coli O157:H7 es el serotipo más frecuente en casos de disentería de población menor de cinco años. Antibióticos como la azitromicina, fosfomicina y meropenem se han utilizado en la fase inicial de la enfermedad tratando prevenir el Síndrome Hemolítico Urémico (SHU); sin embargo, el aumento de la resistencia de E. coli a los antibióticos ha conducido a la búsqueda de nuevas alternativas terapéuticas. El péptido Ib-M1 ha mostrado actividad bactericida contra E. coli O157:H7 y baja toxicidad en células de mamíferos; no obstante, sus mecanismos de acción aún son desconocidos. Ib-M1 es una molécula catiónica y anfifílica; esto sugiere que su efecto antimicrobiano podría estar asociado a una interacción con la membrana bacteriana. El presente trabajo tiene como objetivo evaluar el efecto de Ib-M1 sobre la permeabilización de membrana de E coli O157:H7 Se determinaron las Concentraciones Mínimas Inhibitorias (CMI) de Ib-M1 en cepas de E. coli O157:H7 mediante microdilución; polimixina y estreptomicina fueron usados como antibióticos de referencia. La permeabilidad de membrana externa se determinó empleando N-fenyl-1-naftilamina (NPN) en E. coli O157:H7 utilizando concentraciones desde CMIx1 hasta CMIx32, las mediciones fueron realizadas por espectrofluorometría durante 30 minutos. La permeabilidad de la membrana interna fue realizada por hidrólisis de O-nitrofenil-β-galactosidasa (ONPG) en E. coli ML35 evaluando concentraciones desde CMIx1 hasta CMIx32, las lecturas espectrofotométricas fueron realizadas durante 6 horas. Las alteraciones morfoestructurales fueron analizadas mediante Microscopia Electrónica de Barrido (MEB) en la cepa E. coli O157:H7 tratada con Ib-M1 a los 30, 60 y 120 minutos de exposición. Ib-M1 causó permeabilización de la membrana externa de E. coli O157:H7 a partir de la CMIx1. La membrana interna de E. coli ML35 fue permeabilizada por Ib-M1 a concentraciones de CMIx1 y CMIx2. En MEB mostraron bacterias colapsadas con rugosidad pronunciada en el grupo de E coli O157:H7 tratada con Ib-M1. Los cambios observados mediante MEB, como la perdida de la densidad celular, indican que su mecanismo no está asociado a tipo lítico.
- PublicaciónAcceso abiertoEpidemiology, risk factors and genotypes of HBV in HIV-infected patients in the northeast region of Colombia: High prevalence of occult hepatitis B and F3 subgenotype dominance(2014-12-02) Bautista Amorocho, Henry; Castellanos Domínguez, Yeny Zulay; Rodríguez Villamizar, Laura Andrea; Velandia Cruz, Sindi Alejandra; Becerra Peña, Jeysson Andrey; Farfán García, Ana ElviraAbstract Introduction: Chronic hepatitis B virus (HBV) infection is an increasing cause of morbidity and mortality in human immunodeficiency virus (HIV)-infected individuals. HIV-positive patients are commonly co-infected with HBV due to shared routes of transmission. Objectives: Our aim was to determine the risk factors, prevalence, genotypes, and mutations of the Surface S gene of HBV, and occult hepatitis B infection (OBI) among patients infected with HIV in a northeastern Colombian city. Methods: A cross-sectional study was conducted with 275 HIV-positive patients attending an outpatient clinic in Bucaramanga, Colombia during 2009–2010. Blood samples were collected and screened for serological markers of HBV (anti-HBs, anti-HBc and HBsAg) through ELISA assay. Regardless of their serological profile, all samples were tested for the HBV S gene by nested-PCR and HBV genotypes were determined by phylogenetic inference. Clinical records were used to examine demographic, clinical, virological, immunological and antiretroviral therapy (ART) variables of HIV infection. Results: Participants were on average 37¡11 years old and 65.1% male. The prevalence of HIV-HBV coinfection was 12% (95%CI 8.4–16.4) of which 3.3% had active HBV infection and 8.7% OBI. The prevalence of HIV-HBV coinfection was associated with AIDS stage and ART treatment. Sequence analysis identifiedgenotype F, subgenotype F3 in 93.8% of patients and genotype A in 6.2% of patients. A C149R mutation, which may have resulted from failure in HBsAg detection, was found in one patient with OBI. Conclusions: The present study found a high prevalence of HIV-HBV coinfection with an incidence of OBI 2.6-fold higher compared to active HBV infection. These findings suggest including HBV DNA testing to detect OBI in addition to screening for HBV serological markers in HIV patients.
- PublicaciónAcceso abiertoEtiology of acute gastroenteritis among children less than 5 years of age in Bucaramanga, Colombia.(San Francisco : Plos One, 2020., 2020-06-30) Farfán García, Ana Elvira; Imdad, Aamer; Zhang, Chengxian; Arias Guerrero, Monica Y.; Sánchez Álvarez, Nayibe T.; Iqbal, Junaid; Hernández-Gamboa, Adriana E.; Slaughter, James C.; Gómez-Duarte, Oscar G.; Universidad de Santander; Abiola Senok, Mohammed Bin RashidLa gastroenteritis aguda (GEA) es una de las principales causas de mortalidad en niños menores de 5 años en países de ingresos bajos y medianos (PIBM). La mayor carga de la enfermedad AGE se concentra en áreas tropicales donde las poblaciones carecen de acceso a agua potable, saneamiento e higiene adecuados, lo que hace que esta afección sea una enfermedad desatendida. La información limitada sobre la etiología, la desnutrición asociada y la mortalidad entre las comunidades desatendidas dificulta el desarrollo de estrategias para la prevención y el tratamiento de los AGE. Este estudio de casos y controles en niños menores de 5 años en Bucaramanga, Colombia, reveló que los organismos virales seguidos de bacterias explicaron la mayor proporción de AGE, siendo el norovirus el organismo más común. La mayor tasa de infecciones y coinfecciones entre los casos en comparación con los controles se asoció con AGE.E . coli entre los casos designados como E enteroinvasores formadores de biopelículas . coli (BF-EIEC), E enteroagregativa / enteropatógena . coli y E. enteroagregativa / enterotoxigénica . coli (EAEC / ETEC).
- PublicaciónAcceso abiertoEtiology of acute gastroenteritis among children less than 5 years of age in Bucaramanga, Colombia: A case-control study(PLOS Neglected Tropical Diseases, 2020-06-30) Farfán García, Ana Elvira; Imdad, Aamer; Zhang, Chengxian; Arias Guerrero, Monica Y.; Sánchez Álvarez, Nayibe T.; Iqbal, Junaid; Hernández-Gamboa, Adriana E.; Slaughter, James C.; Gómez Duarte, Oscar Gilberto; CLINIUDESBackground Acute gastroenteritis (AGE) is a major cause of morbidity and mortality in children aged less than 5 years in low- and middle-income countries where limited access to potable water, poor sanitation, deficient hygiene, and food product contamination are prevalent. Research on the changing etiology of AGE and associated risk factors in Latin America, including Colombia, is essential to understand the epidemiology of these infections. The primary objectives of this study were to describe etiology of moderate to severe AGE in children less than 5 years of age from Bucaramanga, Colombia, a middle-income country in Latin American, and to identify the presence of emerging E. coli pathotypes. Methodology/Principal findings This was a prospective, matched for age, case-control study to assess the etiology of moderate to severe AGE in children less than 5 years of age in Bucaramanga, Colombia, South America. We tested for 24 pathogens using locally available diagnostic testing, including stool culture, polymerase chain reaction, microscopy and enzyme-linked immunoassay. Adjusted attributable fractions were calculated to assess the association between AGE and each pathogen in this study population. The study included 861 participants, 431 cases and 430 controls. Enteric pathogens were detected in 71% of cases and in 54% of controls (p = <0.001). Co-infection was identified in 28% of cases and in 14% of controls (p = <0.001). The adjusted attributable fraction showed that Norovirus GII explained 14% (95% CI: 10–18%) of AGE, followed by rotavirus 9.3% (6.4–12%), adenovirus 3% (1–4%), astrovirus 2.9% (0.6–5%), enterotoxigenic Escherichia coli (ETEC) 2.4% (0.4–4%), Cryptosporidium sp. 2% (0.5–4%), Campylobacter sp. 2% (0.2–4%), and Salmonella sp.1.9% (0.3 to 3.5%). Except for Cryptosporidium, all parasite infections were not associated with AGE. Three emergent diarrheagenic E. coli pathotypes were identified in cases (0.7%), including an enteroaggregative/enterotoxigenic E.coli (EAEC/ETEC), an enteroaggregative/enteropathogenic E.coli (EAEC/EPEC), and an emergent enteroinvasive E. coli with a rare O96:H19. No deaths were reported among cases or controls. Conclusions/Significance Norovirus and rotavirus explained the major proportion of moderate to severe AGE in this study. Higher proportion of infection in cases, in the form of single infections or co-infections, showed association with AGE. Three novel E. coli pathotypes were identified among cases in this geographic region.
- PublicaciónAcceso abiertoEvaluación de la actividad antimicrobiana del péptido Ib-M6 contra aislados clínicos de Escherichia coli(Bucaramanga : Universidad de Santander, 2018, 2018-12-14) Picón Jaimes, Ana M,; Farfán García, Ana ElviraEl incremento de la resistencia entre las bacterias Gram negativas en especial en los patotipos de Escherichia coli causantes de enfermedad diarreica aguda (EDA), está dada por el uso indiscriminado de agentes antimicrobianos, mutaciones genéticas en las bacterias, conjugación de plásmidos, entre otros. Por lo cual, surge la necesidad de buscar nuevos fármacos antibacterianos efectivos contra patógenos resistentes. Por lo tanto, el objetivo de este trabajo fue evaluar la concentración mínima inhibitoria (MIC) y la actividad mínima bactericida (MBC) del péptido Ib-M6 contra dos cepas de Escherichia coli STEC Buc/Ac234 y E. coli Buc/Ac299. La determinación de la MIC se realizó por el método de microdilución en caldo en placa de 96 pozos, y la actividad mínima bactericida por el método de recuento de células viables en agar sangre. Los resultados mostraron que el análogo Ib-M6 exhibió actividad antimicrobiana sobre las cepas de E. coli Buc/Ac299 y Buc/Ac234. Las dos bacterias fueron susceptibles a concentraciones del péptido con valores de MIC entre < 0.7 y 1.5 μM/mL. Los valores de MBC 12,5 μM/mL para la cepa comensal y 25 μM/mL para el aislado STEC, por lo que el péptido presentó tanto actividad bactericida como bacteriostática, demostrando su potencial antimicrobiano para inhibir y eliminar bacterias. Por lo que se sugiere determinar las propiedades farmacéuticas y citotóxicas del péptido Ib-M6.
- PublicaciónAcceso abiertoEvaluación in vitro de la actividad antimicrobiana de un péptido sintético en patotipos y comensales de Escherichia coli(Bucaramanga : Universidad de Santander, 2018, 2018-12-13) Méndez Jaimes, Karen D.; Mendoza Espinel, Stephany Y.; Moreno Amézquita, July A.; Gómez Rangel, Sergio-Yebrail; Farfán García, Ana ElviraEn los últimos años las bacterias han ido desarrollando diversos mecanismos de resistencia frente a los antibióticos, lo que ha generado un gran problema de salud pública. Los péptidos antimicrobianos (PAM) han surgido como una estrategia prometedora en la generación de nuevos agentes antimicrobianos debido a sus múltiples mecanismos de acción, los cuales incluyen interacciones con la membrana celular, inhibición de la síntesis proteica y de ácidos nucleicos, funciones inmunomoduladoras y quimiotácticas, amplio espectro de actividad y la baja probabilidad en el desarrollo de resistencia. En este trabajo se evaluó la actividad antimicrobiana del péptido sintético Ib derivado de la planta Impatiens balsamina en cepas comensales y patotipos de Escherichia coli. El potencial inhibitorio se llevó a cabo mediante la determinación de la Concentración Mínima Inhibitoria (CMI) y la Concentración Bactericida Mínima (CBM). El péptido demostró tener un buen potencial inhibitorio al presentar concentraciones de CMI entre 0,7 y 12,5 μM. Particularmente, la actividad es diferente en cada cepa, y no se asocia directamente al patotipo. Dentro del estudio se incluyeron cepas comensales, las cuales presentaron valores de CMI más bajos que los patotipos, esto se puede relacionar con la deficiencia de mecanismos de patogenicidad en estas cepas. Adicionalmente los péptidos demostraron tener actividad bactericida en la mayoría de cepas, mediante la determinación de la CBM. Estos datos contribuyen al aporte que tienen estas sustancias como potencial para contrarrestar la farmacorresistencia.
- PublicaciónAcceso abiertoIb-M6 Antimicrobial Peptide(Basilea : MDPI, 2020, 2020-02-12) Flórez Castillo, Johanna-Marcela; Rondón Villarreal, Paola; Ropero Vega, José Luis; Mendoza Espinel, Stephany Y.; Moreno Amézquita, July A.; Méndez Jaimes, Karen D.; Farfán García, Ana Elvira; Gómez Rangel, Sergio-Yebrail; Gómez-Duarte, Oscar G.; Universidad de SantanderEl péptido Ib-M6 tiene actividad antibacteriana contra la cepa K-12 de Escherichia coli no patógena . La primera parte de este estudio determina la actividad antibacteriana de Ib-M6 contra catorce cepas patógenas de E. coli O157: H7. El ensayo de susceptibilidad mostró que Ib-M6 tenía valores de Concentración Inhibitoria Mínima (MIC) más bajos que la estreptomicina, usada como antibiótico de referencia. Además, para predecir la posible interacción entre Ib-M6 y los componentes de la membrana externa de E. coli, utilizamos simulaciones de acoplamiento molecular donde la proteína FhuA y su complejo con Lipopolisacárido (LPS-FhuA) se utilizaron como objetivos del péptido. Los complejos FhuA / Ib-M6 tenían valores de energía entre -39,5 y -40,5 unidades de energía Rosetta (REU) y solo un enlace de hidrógeno. En contraste, los complejos entre LPS-FhuA e Ib-M6 mostraron valores de energía entre -25,6 y -40,6 REU, y la presencia de cinco posibles enlaces de hidrógeno. Por tanto, la actividad antimicrobiana del péptido Ib-M6 mostrada en los ensayos experimentales podría deberse a su interacción con la membrana externa de E. coli .
- PublicaciónAcceso abiertoIb-M6 antimicrobial peptide: Antibacterial activity against clinical isolates of Escherichia coli and molecular docking(2020-03-12) Flórez Castillo, Johanna-Marcela; Rondón Villarreal, Paola; Ropero Vega, José Luis; Mendoza Espinel, Stephany Y.; Moreno Amézquita, July A.; Méndez Jaimes, Karen D.; Farfán García, Ana Elvira; Gómez Rangel, Sergio-Yebrail; Gómez Duarte, Oscar Gilberto; CLINIUDES; CIBASThe Ib-M6 peptide has antibacterial activity against non-pathogenic Escherichia coli K-12 strain. The first part of this study determines the antibacterial activity of Ib-M6 against fourteen pathogenic strains of E. coli O157:H7. Susceptibility assay showed that Ib-M6 had values of Minimum Inhibitory Concentration (MIC) lower than streptomycin, used as a reference antibiotic. Moreover, to predict the possible interaction between Ib-M6 and outer membrane components of E. coli, we used molecular docking simulations where FhuA protein and its complex with Lipopolysaccharide (LPS–FhuA) were used as targets of the peptide. FhuA/Ib-M6 complexes had energy values between −39.5 and −40.5 Rosetta Energy Units (REU) and only one hydrogen bond. In contrast, complexes between LPS–FhuA and Ib-M6 displayed energy values between −25.6 and −40.6 REU, and the presence of five possible hydrogen bonds. Hence, the antimicrobial activity of Ib-M6 peptide shown in the experimental assays could be caused by its interaction with the outer membrane of E. coli. View Full-Text
- PublicaciónAcceso abiertoIntegrones y sus Clases en Patotipos de Escherichia coli y E. coli Comensal Multiresistentes a Antibacterianos Aislados de una Población Pediátrica de Bucaramanga y su Área Metropolitana(2021-12-01) Castro-Niño, Karenn Julieth; Garzón-del Valle, Celeste; Trejos Suárez, Juanita; Farfán García, Ana ElviraLa resistencia antimicrobiana es un problema de salud pública a nivel mundial, las bacterias tienen mecanismos de resistencia adquiridos que llevan a la aparición de multirresistencia, uno de ellos es la presencia de los Integrones. Con base en lo anterior, como objetivo se tuvo evaluar la presencia de Integrones de clase 1, 2 y 3 en patotipos de Escherichia coli y Escherichia coli comensal multirresistente a antibacterianos, aislados en una población pediátrica de Bucaramanga y su área metropolitana. Se desarrolló bajo un estudio descriptivo experimental, realizando la identificación de integrones de clase 1, 2 y 3 en 168 cepas de Escherichia coli y E. coli comensal en pacientes pediátricos en Bucaramanga y su Área metropolitana con PCR de punto final para la identificación de los genes intI 1, intI 2 e intI 3. La amplificación de los genes se observó por electroforesis en gel de agarosa al 1.5%. Finalmente, se identificó la presencia del gen intl 1 en un 41% de 168 cepas de estudio, encontrándose frecuentemente en los diferentes patotipos de E. coli y E. coli comensal ECEP (9%), ECET (1%), ECEI (1%), ECST 1%), ECEA (2%) y comensal (50%), de las cuales presentaron mayor resistencia a antibióticos como Amoxicilina, Ampicilina, Doxiciclina, Trimetropim/sulfametoxazol, asociados a genes blaTEM, blaSHV-2, blaIMP-1,blaIRC-1,BLAspm-1,blaVim-2, gyrA,gyrB,parC,aaa(6’)Ib,qnrB y qnrS expresado en la literatura. Se logró determinar la presencia de integrones de clase 1, en los aislamientos de muestras pediátricas con un 41%, sin presencia de integrones de clase 2 y 3. Se pudo observar que de los diferentes patotipos de E. coli, la E.coli comensal evidenció mayor cantidad fenotípica de resistencia demostrando así la transferencia horizontal de genes que existe entre las cepas.
- PublicaciónAcceso abiertoMarcadores serológicos y moleculares de infección por el virus de la hepatitis B en estudiantes universitarios colombianos(2012-10) Bautista Amorocho, Henry; Castellanos Domínguez, Yeny Zulay; Farfán García, Ana ElviraIntroduction: Reports from the World Health Organization (WHO) show that the prevalence of hepatitis B virus (HBV) infections varies by geographical region and risk group. Purpose: The purpose of this study was to determine the prevalence of HBV infections, as well as the vaccination status, among university students from Bucaramanga. Methodology: This was a cross sectional study conducted in 2010 which included 1298 students from five universities. Serological markers for HBV infection were detected using ELISA. Viral genomes were detected with nested polymerase chain reaction (PCR). Results: Active infections were established in 0.15% of the study population, and this finding was confirmed by PCR. Resolved infections were identified in 0.60% of the population. Isolated anti-HBc antibodies were found, 30.2% of vaccinated individuals. 67.9% of the study population was susceptible. No occult HBV was detected. Conclusions: The low prevalence of HBV infections reported in this study contrasts with the intermediate epidemiological pattern described in the region. We found poor vaccination coverage and absence of occult hepatitis B among these university students.
- PublicaciónAcceso abiertoMecanismos de virulencia de Escherichia coli enteropatógena(2016-07-26) Farfán García, Ana Elvira; Ariza Rojas, Sandra Catherine; Vargas Cárdenas, Fabiola Andrea; Vargas Remolina, Lizeth VivianaAcute diarrheal disease (ADD) is a global public health problem, especially in developing countries and is one of the causes of mortality in children under five. ADD etiologic agents include viruses, bacteria and parasites in that order. Escherichia coli bacteria it is classified as a major diarrheagenic agent and transmitted by consuming contaminated water or undercooked foods. This review compiled updates on information virulence factors and pathogenic mechanisms involved in adhesion and colonization of seven pathotypes of E. coli called enteropathogenic E. coli (EPEC), enterotoxigenic E. coli (ETEC), enteroinvasive E. coli (EIEC), shigatoxigenic E. coli (STEC), enteroaggregative E. coli (EAEC) and diffusely-adherent E. coli (DAEC). A final pathotype, adherent-invasive E. coli (AIEC) associated with Crohn’s disease was also reviewed. The diarrheagenic pathotypes of E. coli affect different population groups and knowledge of the molecular mechanisms involved in the interaction with the human is important to guide research towards the development of vaccines and new tools for diagnosis and control.