Examinando por Materia "Metagenomics"
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- PublicaciónAcceso abiertoCaracterización de la Diversidad Microbiana de Suelos Destinados a Cultivos de Ananas comosus (piña), Tratados con Distintos Plaguicidas en el Municipio de Lebrija, Santander(Bucaramanga : Universidad de Santander, 2021, 2021-05-06) Bravo Granados, Natalia Andrea; Rueda Forero, Nohora Juliana; Suárez Barrera, Miguel OrlandoEl suelo es un hábitat diverso, su composición varía dependiendo del uso, condiciones climáticas y actividades antropogénicas; y conocer los microorganismos presentes requiere la implementación de herramientas de secuenciación de nueva generación. Ananás comosus es un cultivo de gran importancia para Santander, sin embargo, los estudios referentes a la caracterización biológica del suelo asociado, son escasas en la región y en el país. En ese sentido, este trabajo se centró en la caracterización microbiana del suelo destinado a un cultivo de piña. Para lograrlo, las muestras se tomaron aleatoriamente de cuatro lotes a 20 cm de profundidad, obteniendo un total de 14 muestras. Se estandarizó el protocolo de extracción de ADN genómico total de suelo y la cantidad de ADN de cada muestra fue >60 ng/μl. Posteriormente se enviaron a secuenciar a MacroGen mediante la plataforma Illumina MiSeq (2x300 pb), obteniéndose un total de 1’518.101 secuencias de las muestras analizadas. El empleo de herramientas metagenómicas como el FASTQC y el MG-RAST, permitieron establecer la calidad de las secuencias obtenidas y la clasificación desde dominio hasta género de los microorganismos presentes en los suelos estudiados. Filo como Actinobacteria (>50%), Acidobacteria (>18%), Firmicutes (>16%) y Verrumicrobia (>10%), se encontraron con mayor predominancia entre las 14 muestras estudiadas. A nivel de género se encontraron en abundancia Candidatus Koribacter, Streptomyces, Isosphaera, Bacillus, Candidatus Solibacter y Actinomadura. Con respecto a la diversidad α, esta varía por las condiciones nutricionales del suelo, es por esto que en la muestra del suelo Blanco los valores de esta diversidad son los más bajos. Finalmente, se evidenció elevada similitud entre la composición de las comunidades microbianas de los cuatro suelos en estudio, indicando que el plaguicida y el bioplaguicida, no tienen un efecto significativo en la composición de la población microbiana presentes en la rizosfera del cultivo de piña.
- PublicaciónAcceso abiertoComparative metagenomic analysis of PAH degradation in soil by a mixed microbial consortium(2016-11-15) Zafra, German; Taylor, Todd D.; Absalón, Angel E.; Cortés Espinosa, Diana V.In this study, we used a taxonomic and functional metagenomic approach to analyze some of the effects (e.g. displacement, permanence, disappearance) produced between native microbiota and a previously constructed Polycyclic Aromatic Hydrocarbon (PAH)-degrading microbial consortium during the bioremediation process of a soil polluted with PAHs. Bioaugmentation with a fungal-bacterial consortium and biostimulation of native microbiota using corn stover as texturizer produced appreciable changes in the microbial diversity of polluted soils, shifting native microbial communities in favor of degrading specific populations. Functional metagenomics showed changes in gene abundance suggesting a bias towards aromatic hydrocarbon and intermediary degradation pathways, which greatly favored PAH mineralization. In contrast, pathways favoring the formation of toxic intermediates such as cytochrome P450-mediated reactions were found to be significantly reduced in bioaugmented soils. PAH biodegradation in soil using the microbial consortium was faster and reached higher degradation values (84% after 30 d) as a result of an increased co-metabolic degradation when compared with other mixed microbial consortia. The main differences between inoculated and non-inoculated soils were observed in aromatic ring-hydroxylating dioxygenases, laccase, protocatechuate, salicylate and benzoate-degrading enzyme genes. Based on our results, we propose that several concurrent metabolic pathways are taking place in soils during PAH degradation.
- PublicaciónAcceso abiertoUse of molecular tools to monitor microbial communities during the bioremediation of Polycyclic Aromatic Hydrocarbon-contaminated soils(2016-11) Zafra, German; Valdivieso Quintero, WilfredoOne of the priority environmental pollutants, because of its high toxicity and persistence, are the polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs). PAHs are recalcitrant compounds exhibiting high hydrophobicity and therefore readily absorbed in the gastrointestinal tract of mammals, also having a rapid distribution in a variety of tissues with a marked tendency to fatty deposits. Because of its importance as environmental pollutants, soil contamination with PAHs is a priority environmental issue. In recent years, there have been great advances in the understanding of the mechanisms of degradation of PAHs and the techniques for the monitoring of these processes in polluted soils. However, the validation and performance of a bioremediation strategy should be based not only on the effect of the microorganisms in soil (biodegradation of the contaminant), but also in the detection and monitoring of the inoculated microorganisms. This review presents an overview of the strategies for the bioremediation of soils contaminated with PAHs, focusing on the molecular biology methods that can be used for the monitoring of these soils in the field.