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La Facultad nace luego de un extenso proceso que inició en 1999 cuando la Institución era aún una Corporación Universitaria, con la creación del Departamento de Ciencias Básicas, unidad que tenía como propósito ofrecer los cursos del área básica -biociencias, biología, química y bioquímica-, a los programas de la Facultad de Salud; posteriormente, se organiza el Departamento de Matemáticas y Física, con el objetivo de ofrecer los cursos en las áreas de matemática, física y estadística a los programas de las Facultades de Ingeniería, Administración y Salud.

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