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Title: Evaluación de nuevas sondas de oligonucleótidos para la detección de bacterias sulfato reductoras
Authors: Sanmiguel Tarazona, María Angélica
metadata.dc.contributor.advisor: Valdivieso Quintero, Wilfredo
Keywords: Bacterias sulfato reductoras
Oligonucleótidos
Gen dsrA
Sulfate reducing bacteria
Oligonucleotides
Gene dsrA
PCR
Issue Date: 16-Jul-2018
Publisher: Bucaramanga : Universidad de Santander, 2018
Abstract: Sulfate reducing bacteria are the main cause of corrosion induced by microorganisms in the oil industry because they generate sulfide acid and thus are affected structures, equipment and machinery of metal, as well as crude causing damage and economic losses. The enzyme responsible for the reduction of sulfate disassimilation is encoded by different genes, including the most studied gene dsrA, used for the detection and quantification of these bacteria. In this work, was standardized the polymerase chain reaction (PCR) technique for the detection of the DsrA gene, using new oligonucleotides previously designed by the young investigator Karen Angarita. For this, an analysis was made "in silico" of the control oligonucleotides and the oligonucleotides with potential to amplify the gene of interest, three different polymerases were evaluated, and the respective detection limits were determined. The amplified products were analyzed using agarose gels at 1.5%. The genomic DNA of Desulfovibrio vulgaris (ATCC 29579) was used as a positive control. The results show that the oligonucleotides designed have the potential to be used to detect sulfate reducing bacteria, since they showed no DNA amplification of other possible bacteria present in samples of interest in the industry Oil and with a detection limit of 1×10−5 ng of Desulfovibrio vulgaris DNA.
Las bacterias sulfato reductoras son las principales causantes de la corrosión inducida por microorganismos en la industria petrolera debido a que generan ácido sulfhídrico y de este modo se ven afectados estructuras, equipos y maquinarias de metal, así como el crudo mismo, ocasionando daños y pérdidas económicas. La enzima responsable de la reducción desasimilatoria del sulfato es codificada por diferentes genes, entre ellos el más estudiado el gen dsrA, utilizado para la detección y cuantificación de estas bacterias. En este trabajo se estandarizó la técnica de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) para la detección del gen dsrA, utilizando nuevos oligonucleótidos diseñados previamente por el joven investigador Karen Angarita. Para esto, se hizo un análisis “in silico” de los oligonucleótidos control y los oligonucleótidos con potencial para amplificar el gen de interés, se evaluaron tres polimerasas diferentes y se determinaron los respectivos límites de detección. Los productos amplificados se analizaron mediante geles de agarosa al 1,5 %. Como control positivo se usó el ADN genómico de Desulfovibrio vulgaris (ATCC 29579). Los resultados muestran que los oligonucleótidos diseñados tienen el potencial de ser utilizados para detectar bacterias sulfato reductoras, dado que no mostraron amplificación del ADN de otras posibles bacterias presentes en muestras de interés en la industria del petróleo y con un límite de detección de 1×10−5 ng de ADN de Desulfovibrio vulgaris.
Description: 86 p
URI: https://repositorio.udes.edu.co/handle/001/4347
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