Identificación del gen mdfA de bomba de eflujo en aislamientos de Escherichia coli intestinales en una población pediátrica de Bucaramanga y su área metropolitana
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Resumen en español
La resistencia bacteriana es un grave problema en la actualidad. El aislamiento de cepas resistentes a ciprofloxacina y ácido nalidíxico es una de las repercusiones clínicas del tratamiento empírico inadecuado ante infecciones graves. Objetivo: Determinar la presencia del gen mdfA en cepas de E. coli patógenas y comensales con patrones fenotípicos a ciprofloxacina y ácido nalidíxico obtenidas en muestras fecales de una población pediátrica de la zona de Bucaramanga y su área metropolitana. Metodología: Estudio descriptivo para la identificación y análisis de mutaciones del gen mdfA en cepas de E. coli. Resultados: En este estudio el gen mdfA se identificó en 64 cepas E. coli patógenas y comensales de una población pediátrica mediante PCR convencional. El producto de PCR de 9 cepas se seleccionó para el análisis de las secuencias forward y reverse las cuales se asociaron a los siguientes genomas cromosómicos de E. coli Z1002, PSUO2, FORC_044, FAM21845, E62 y ATO1. Posteriormente se realizó una búsqueda In Silico de proteínas relacionadas con resistencia antibiótica mediada por bombas de eflujo ubicadas en estos genomas. De las 43 proteínas obtenidas se utilizaron sus secuencias de aminoácidos completos para el análisis filogenético. Con el análisis se evidenció el alineamiento de dos proteínas homólogas ASL30596.1 y ARD54462.1 con la proteína de tipo salvaje WP_116923934.1. Estas proteínas compartieron una identidad de secuencia del 41.44% y 41.18% respectivamente y un grado de similitud del 0.41% en ambas. Las mutaciones más significativas de estas dos proteínas se analizaron mediante programas bioinformáticos que sugirieron que los patrones fenotípicos a ciprofloxacina y ácido nalidíxico probablemente, no estaban relacionados con el funcionamiento de la bomba de eflujo MdfA. Conclusión: Existe la posibilidad de que la presencia del gen mdfA no estuviera relacionada con los patrones fenotípicos específicos a ciprofloxacina y ácido nalidíxico.
Resumen en ingles
Bacterial resistance is a serious problem at present. The isolation of strains resistant to ciprofloxacin and nalidixic acid is one of the clinical repercussions of inadequate empirical treatment in the face of serious infections. Objective: To determine the presence of the mdfA gene in pathogenic and commensal E. coli strains with phenotypic patterns of ciprofloxacin and nalidixic acid obtained in faecal samples from a pediatric population in the Bucaramanga area and its metropolitan area. Methodology: Descriptive study for the identification and analysis of mutations of the mdfA gene in strains of E. coli. Results: In this study, the mdfA gene was identified in 64 pathogenic and commensal E. coli strains of a pediatric population through conventional PCR. The PCR product of 9 strains was selected for the analysis of forward and reverse sequences which were associated to the following chromosomal genomes of E. coli Z1002, PSUO2, FORC_044, FAM21845, E62 and ATO1. Subsequently, an In Silico search was performed on proteins related to antibiotic resistance mediated by efflux pumps located in these genomes. Of the 43 proteins obtained their complete amino acid sequences were used for phylogenetic analysis. The analysis revealed the alignment of two homologous proteins ASL30596.1 and ARD54462.1 with the wild-type protein WP_116923934.1. These proteins shared a sequence identity of 41.44% and 41.18% respectively and a degree of similarity of 0.41% in both. The most significant mutations of these two proteins were analyzed by bioinformatic programs that suggested that the phenotypic patterns to ciprofloxacin and nalidixic acid were probably not related to the functioning of the MdfA efflux pump. Conclusion: There is a possibility that the presence of the mdfA gene was not related to the phenotypic patterns specific to ciprofloxacin and nalidixic acid.