Examinando por Materia "PCR"

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    Caracterizaci ón molecular de genes cry1, cry2, cry3 y cry4 en aislados de Bacillus thuringiensis y determinación de su actividad bioinsecticida en larvas de Aedes aegypti
    (2013-02-20) Galvis Serrano, Nestor Fabián
    Chemical insecticides can be toxic and cause environmental degradation. Therefore, biological control of insects represents an alternative of low ecological impact. Bacillus thuringiensis is a spore-forming Gram-positive bacterium that produces parasporal crystals of a proteic nature, formed by delta endotoxins that are toxic to a large number of insects and are biodegradable and innocuous to other species. In the present work 13 native strains of B. thuringiensis were isolated from soil samples and identified by selective methods and the BBL CRYSTAL method. In the molecular characterization utilizing specific primers for the identification of cry1, cry2, cry3 y cry4 genes, eight isolates presented the cry3 gene and two presented the cry2 gene. These two latter isolates were used in a bioassay on Aedes aegypti larvae to determine their toxic effect, showing that the preliminary toxicity essay of the BtUDES2 isolate presented a lethality of 56.67%. When determining the lethal concentration of this same isolate, an average lethal concentration of 11.4333ng·ml-1 and a total lethal concentration of 17.1542ng·ml-1 were found.
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    Detección de genes nifh y phod en bacterias endófitas y epífitas aisladas a partir de ricinus communis y plukenetia volubilis.
    (2019-06-26) Toledo Bustamante, Franck Giovanny; Valdivieso Quintero, Wilfredo
    La necesidad de la sociedad por buscar nuevas fuentes de farmanutrición y fuentes de combustibles ha fijado su atención en las plantas Plukenetia volubilis y Ricinus communis; dos plantas oleaginosas que producen semillas ricas en aceites de interés industrial, estas poseen la característica de crecer y desarrollarse en diversas condiciones medioambientales, esta peculiar característica puede verse influenciada por los microorganismos que se asocian a ella, quienes pueden aportar nitrógeno y/o fósforo a las plantas por medio de los ciclos biológicos “fijación de nitrógeno y solubilización de fosfatos”, para llevar a cabo estos procesos los microorganismos utilizan las enzimas fosfatasas y nitrogenasas respectivamente, codificadas en el genoma bacteriano por los genes phoD y nifH. El presente estudio busca identificar el potencial para fijar nitrógeno y solubilizar fosfatos en bacterias aisladas a partir de Ricinus communis y Plukenetia volubilis, por medio de la detección de los genes nifH y phoD. Para la detección de los genes se diseñaron 3 pares de oligonucleótidos puestos a prueba con 32 cepas aisladas a partir de Ricinus communis y Plukenetia volubilis de las cuales se encontraron 6 microorganismos con amplificados sugestivos del mismo tamaño de la banda esperada para los oligonucleótidos de nifH, 2 sugestivos con gen gln y 8 microorganismos con amplificados del mismo tamaño de la banda esperada para los oligonucleótidos de phoD.
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    Determinación de especies causantes de Leishmaniasis Cutánea en Caninos de los MUNICIPIOS RAGONVALIA Y PAMPLONITA, 2019.
    (Cúcuta: Universidad de Santander, 2019, 2019-06-27) Rivera Duarte, Heidy Daniela.; Santos Gonzalez, Geraldine.; Angarita Sanchez, Asbleide Karina.; Contreras Rangel, Jael.
    Objetivo: El presente trabajo tiene como propósito determinar cuáles son las especies causantes de Leishmaniasis cutánea en caninos de los municipios Ragonvalia y Pamplonita. Materiales y métodos: Estudio de campo con nivel descriptivo realizado en 7 caninos de los municipios Ragonvalia y Pamplonita seleccionados con criterios de exclusión y con el debido consentimiento informado voluntario de cada dueño de la mascota. En la primera fase se realizó un examen clínico veterinario de cada canino seguido por un muestreo de las lesiones cutáneas para la fase dos el examen directo y la fase tres las pruebas moleculares de tipo PCR y PCR RLFP. Resultados: La presentación clínica en dos de los tres caninos corresponde a lesiones ulcerativas en el plano nasal, en el primer caso con borde irregular, hiperémica costrosa y exudado mucosanguinolento, el segundo caso presenta una ulcera de borde definido, sin exudado; el tercero de los casos se presentó en la zona escrotal, hiperémica de borde no definidos, sin ningún tipo de secreción. En los tres casos reportados no se observaron amastigotes de Leishmania en el examen directo, sin embargo si presento positivad en el estudio de PCR Gen Hsp70-N para Leishmania y PCR RFLP corresponde a la especie braziliensis. Conclusiones: Se determinó que la especie causante de Leishmaniasis cutánea canina en Ragonvalia y Pamplonita es Leishmania braziliensis, el perro en este caso actúa como un centinela o indicador de que en las zonas estudiadas se encuentra el parasito, el reservorio y el vector necesarios para que se presente esta patología poniendo en riesgo la población humana y animal. Es imprescindible de manera pertinente realizar un control de la propagación de esta enfermedad, por lo tanto se recomienda a los organismos de Salud Pública reforzar y continuar en la búsqueda de medias de control y prevención de Leishmaniasis cutánea.
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    Evaluación de nuevas sondas de oligonucleótidos para la detección de bacterias sulfato reductoras
    (Bucaramanga : Universidad de Santander, 2018, 2018-07-16) Sanmiguel Tarazona, María Angélica; Valdivieso Quintero, Wilfredo
    Sulfate reducing bacteria are the main cause of corrosion induced by microorganisms in the oil industry because they generate sulfide acid and thus are affected structures, equipment and machinery of metal, as well as crude causing damage and economic losses. The enzyme responsible for the reduction of sulfate disassimilation is encoded by different genes, including the most studied gene dsrA, used for the detection and quantification of these bacteria. In this work, was standardized the polymerase chain reaction (PCR) technique for the detection of the DsrA gene, using new oligonucleotides previously designed by the young investigator Karen Angarita. For this, an analysis was made "in silico" of the control oligonucleotides and the oligonucleotides with potential to amplify the gene of interest, three different polymerases were evaluated, and the respective detection limits were determined. The amplified products were analyzed using agarose gels at 1.5%. The genomic DNA of Desulfovibrio vulgaris (ATCC 29579) was used as a positive control. The results show that the oligonucleotides designed have the potential to be used to detect sulfate reducing bacteria, since they showed no DNA amplification of other possible bacteria present in samples of interest in the industry Oil and with a detection limit of 1×10−5 ng of Desulfovibrio vulgaris DNA.
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    Frecuencia de los genes de virulencia iucC(aer) y hlyCA en cepas de Escherichia coli aisladas en adultos con infección del tracto urinario adquirida en comunidad de la zona metropolitana de Bucaramanga
    (Bucaramanga, Universidad de Santander, 2019, 2019-06-21) Pedrozo Rodríguez , Yanir Maruth; Martínez Vega, Ruth Aralí
    Urinary tract infections (UTI) are considered as one of the most frequent problems in primary health care and they are mostly of community origin. It is among the most common infectious diseases, with a high morbidity rate. Severity occurs in a variety of ways from asymptomatic bacteriuria, cystitis, pyelonephritis, septic shock to multiorgan failure. The main etiology of the UTIs is the bacterium Escherichia coli. One of the main sources of severity in the ITUs is the wide spectrum of virulence factors present in E. coli. Therefore, this research project sought to determine the frequency of two virulence genes of E. coli, the first is aer (aerobactin) that codes for a protein that is highly associated with iron uptake and the second gene is hly which encodes α hemolysin. The production of hemolysins is associated with extraintestinal infections, which gives E. coli a selective advantage because it favors the uptake of iron, released by lysed red blood cells, through siderophores. We analyzed 87 urine samples from patients from Bucaramanga, Santander, with UTI due to E. coli. The amplification of the DNA was determined through the PCR test at the end point, which was standardized for the detection of the two mentioned genes. It was observed that the virulence gene iucC (aer) presented a high frequency (68%) in the E. coli strains analyzed, while the hlyCA gene was infrequent (14%). The frequency of these genes in strains of uropathogenic E. coli isolated from Bucaramanga patients is within what has been reported in other countries.
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    Identificación de Genes de Lipasas Extracelulares en Candida Palmioleophila y su Relación con Genes Lip2 y Lip6
    (Bucaramanga : Universidad de Santander, 2021, 2021-08-24) Hernández Garnica, Esperanza; Valdivieso Quintero, Wilfredo
    El objetivo del presente estudio fue identificar secuencias genéticas ortólogas de lipasas extracelulares LIP2 y LIP6 presentes en microorganismos modelo de Candida palmioleophila (Nakase&Itoh 8040), sin embargo, durante el desarrollo de este estudio se incluyó la identificación de secuencias genéticas ortólogas de lipasas extracelulares LIP1. Se estableció una estrategia experimental que incluyó el uso de oligonucleótidos previamente reportados y nueve parejas de oligonucleótidos diseñados (LIP1, LIP2, LIP6), para las amplificaciones se utilizó tanto ADNg como ADNc. Los 61 amplificados obtenidos (14 de C. albicans y 47 de C. palmioleophila) fueron sometidos a secuenciación, de los cuales se obtuvieron 87 secuencias (74 a partir de ADNg y 13 a partir de ADNc), el análisis de los fragmentos depurados para C. palmioleophila permitió identificar tres amplificados (Cp9, Cp39 y Cp47) que presentaron algún grado de homología con secuencias genéticas asociadas a lipasas en GenBank y de estas secuencias genéticas, se obtuvieron tres marcos de lectura (ORF) con algún grado de homología a αβ hidrolasa o lipasas de levaduras en BLASTp, Pfam e InterPro. Las secuencias de nucleótidos Cp9, Cp39, Cp47 y sus respectivos ORF fueron sometidos a un análisis filogenético. Adicionalmente este trabajo permitió obtener información nueva sobre secuencias de ADN putativas para C. palmioleophila, que pudieron ser reportadas en GenBank, permitiendo ampliar el conocimiento que se tiene de este microorganismo.
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    Identificación de los Virus Dengue y Zika mediante RT-PCR en personas Asintomáticas de SAN JOSÉ DE CÚCUTA, Colombia, 2016.
    (Cúcuta: Universidad de Santander, 2017, 2017-11-29) Bello Medina, Astrid Carolina.; Serrano Perez, Jessica Fernanda.; Galvis Serrano, Nestor Fabián; Contreras Rangel, Jael.
    Dengue and Zika viruses (flavivirus) are viruses transmitted by arthropods, arboviruses. Its importance has increased in the Americas in the last 20 years. The main vectors are Aedes aegypti and A. albopictus. Dengue fever is a viral disease transmitted by mosquitoes that has spread rapidly in recent years. Dengue virus is transmitted by female mosquitoes mainly of the species Aedes aegypti and, to a lesser extent, Aedes albopictus. These mosquitoes also transmit chikungunya fever, yellow fever and Zika virus infection. Zika virus fever (ZIKV) is a febrile, zoonotic, emerging, acute, benign and self-limiting disease; of jungle origin which is caused by the Zika virus. Zika virus is a flavivirus transmitted by mosquitoes of the species Aedes aegypti. Its symptomatology is nonspecific and can be confused with other febrile syndromes and can occur on several occasions asymptomatically or present with a moderate clinical picture.
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    Identificación y Caracterización de Parasporinas, Obtenidas de Aislados de Bacillus spp Nativos de Suelos Colombianos
    (Bucaramanga : Universidad de Santander, 2021, 2021-01-28) Castro Pinzón, Yaren Yorlady; Suárez Barrera, Miguel Orlando; Rueda Forero, Nohora Juliana
    A pesar del desarrollo de diversos procedimientos médicos enfocados hacia el tratamiento del cáncer, al día de hoy siguen existiendo falencias en la preservación de tejidos sanos. Por lo anterior, las nuevas estrategias se han centrado en el uso de moléculas biológicas específicas con potencial anticancerígeno. En este sentido, durante los últimos años, han aumentado las investigaciones con Bacillus thuringiensis (Bt), un microorganismo Grampositivo caracterizado por la producción de inclusiones cristalinas que resultan tóxicas hacia varios órdenes de insectos. En los estudios más recientes se ha reportado que Bt también tiene la capacidad de sintetizar proteínas no insecticidas conocidas como Parasporinas (PS), las cuales producen cristales que presentan citotoxicidad contra diferentes líneas celulares de cáncer. El presente proyecto se enfocó en la identificación de genes parasporales en 13 aislamientos de Bacillus spp de la colección del Laboratorio de Biología Molecular y Biotecnología de la Universidad de Santander aisladas de suelos colombianos, por medio de la estandarización de la técnica molecular de reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Los análisis en geles de agarosa permitieron determinar la presencia de amplicones de interés para PS1 en los aislados 87 y 88B y para PS2 en el aislado 67. La comparación de la secuencia de aminoácidos del producto de PCR de PS2 con la proteína de referencia PS2Aa1 mostró un porcentaje de identidad del 99%. Así mismo, se evidenció una relación filogenética estrecha entre las secuencias de los amplicones de interés de los aislados 67 y 88B, sugiriendo un alto nivel de conservación entre los genes que codifican PS1 y PS2. Hasta el momento, este es el primer informe de investigaciones con toxinas PS en el territorio colombiano, indicando la existencia de aislados nativos en el país con potencial para la producción de estas proteínas.
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    Identificación y caracterización molecular de aislados de Burkholderia glumae, agente causante del añublo bacterial en el cultivo de arroz
    (2015) Galvis Serrano, Nestor Fabián; Carrillo Hernández, Marlen Yelitza
    El objetivo de este trabajo fue implementar la identificación especifica de Burkholderia glumae por PCR convencional; y conocer sus características genéticas, a partir de plantas de arroz con evidencia de pudrición. Burkholderia glumae es el agente causal del añublo bacterial de la panícula del arroz, con una alta incidencia ocasionando considerables pérdidas en la producción de los cultivos en Colombia. Debido a que su identificación es difícil, se requiere de un sistema de evaluación que permita determinar de manera rápida y precisa este patógeno. Se obtuvo 64 aislados, de los cuales 41 fueron identificados por Reacción en Cadena de la Polimerasa (PCR) como Burkholderia glumae. La caracterización molecular con los marcadores MB1 y BOX-PCR mostraron variabilidad genética en la mayoría de los aislados, pero permitieron el agrupamiento de acuerdo a su origen geográfico. La gran diversidad genética encontrada refleja el alto grado de variabilidad existente dentro de los individuos de esta especie.
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    Relación entre subtipos de Blastocystis SPP. Y Sintomatología intestinal compatible con el Síndrome de Colon irritable en individuos de SAN JOSÉ DE CUCUTA, NORTE DE SANTANDER en el año 2016.
    (Cúcuta: Universidad de Santander, 2017, 2017-06-24) Molina Pérez, Angie Daniela.; Lizcano López, Rossie Geraldine.; Ríos Ramírez, Yesmit-Karina.; Díaz Carvajal, Claudia-Yaneth.; Contreras Rangel, Jael.
    Gastrointestinal diseases are one of the main public health problems, especially in developing countries, which do not have good health systems. Blastocystis spp. Is a protozoan with high prevalence worldwide that is transmitted very easily by inadequate hygiene habits and has been related to gastrointestinal symptoms. The main objective of the investigative study was to establish the relationship between subtypes of Blastocystis spp. and irritable bowel syndrome. It is therefore convenient to mention that this syndrome constitutes a gastrointestinal disorder very frequent in medical practice. It is characterized by abdominal pain (or "malaise"), abdominal distension, and is associated with changes in the frequency of bowel movements and / or consistency. In this study we analyzed the symptoms associated with Blastocystis spp. infections compatible with irritable bowel syndrome and the prevalence of the parasite; From a sample of 389 inhabitants of the city of Cúcuta. With regard to symptomatology, diarrhea was the most likely symptom to be associated with the presence of the parasite with a P = 0.0250 value, which is very significant. Coproanalysis was performed and a total of 179 samples were positive for Blastocystis and a total of 44.13% of the samples were monoparasited by Blastocystis spp. Indicating that the samples to discard other enteropathogens were made coprological and modified Ziehl Neelsen staining, and coproculture diarrheal stool and Adenovirus / Rotavirus test, thus obtaining truly monoparasite samples. Conventional PCR was performed on the latter, in order to determine the subtypes of ST1 to ST7 of Blastocystis spp. With ST1 being the most prevalent. It is possible to associate in a great extent the subtype 5 with gastrointestinal symptomatology compatible with the Irritable Intest Syndrome in the population of San José de Cúcuta.
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    Use of molecular tools to monitor microbial communities during the bioremediation of Polycyclic Aromatic Hydrocarbon-contaminated soils
    (2016-11) Zafra, German; Valdivieso Quintero, Wilfredo
    One of the priority environmental pollutants, because of its high toxicity and persistence, are the polycyclic aromatic hydrocarbons (PAHs). PAHs are recalcitrant compounds exhibiting high hydrophobicity and therefore readily absorbed in the gastrointestinal tract of mammals, also having a rapid distribution in a variety of tissues with a marked tendency to fatty deposits. Because of its importance as environmental pollutants, soil contamination with PAHs is a priority environmental issue. In recent years, there have been great advances in the understanding of the mechanisms of degradation of PAHs and the techniques for the monitoring of these processes in polluted soils. However, the validation and performance of a bioremediation strategy should be based not only on the effect of the microorganisms in soil (biodegradation of the contaminant), but also in the detection and monitoring of the inoculated microorganisms. This review presents an overview of the strategies for the bioremediation of soils contaminated with PAHs, focusing on the molecular biology methods that can be used for the monitoring of these soils in the field.