Examinando por Autor "Rueda Forero, Nohora Juliana"
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- PublicaciónAcceso abiertoAnálisis estructural y determinación de la actividad tóxica de las mutantes 8cry11l553f, 8cry11l556w, y 8cry11l553f-l556w obtenidas por mutagénesis sitio dirigida en larvas de primer estadio de aedes aegypti.(Bucaramanga : Universidad de Santander, 2018, 2018-11-23) Herrera Pineda, Diego Fernando; Suárez Barrera, Miguel Orlando; Rueda Forero, Nohora JulianaBacillus thuringiensis is a Gram-positive bacterium, δ-endotoxins producer that are toxic to different orders of insects and nematodes. Cry11 is a specific toxin against the vector A. aegypti, which is responsible for the transmission of dengue, zika and chikungunya; however, its mode of action and structure-function characteristics have not yet been fully elucidated. The research group of Molecular Biology and Biotechnology of the UDES, has a library obtained by shuffling the DNA of cry11 genes, highlighting the variant 8Cry11, which is 6 times more toxic than Cry11Aa and 3.8 more than Cry11Bb. Molecular Docking studies showed that positions 553 and 556 of this protein are relevant in the interaction with the cadherin receptor, to corroborate this information, site-directed mutagenesis was performed to reverse the aforementioned mutations, obtaining the variants 8Cry11L553F, 8Cry11L556W, and 8Cry11L553F-L556W. In this work, the toxic activity of mutants 8Cry11L553F, 8Cry11L556W, and 8Cry11L553F-L556W was determined, as well as an approximation of protein analysis both in silico and in vitro through SDS-PAGE. To achieve this, the ideal conditions for the production of δ-endotoxin (Cry11Aa) were standardized, finding a relationship between glucose concentrations (15g / L) and sources of organic and inorganic nitrogen in a ratio of 3: 7; the production of protoxin (~ 100 kDa) and toxin (32 and 34 kDa) was corroborated by SDS page. To determine the mean lethal concentration in comparison with the mutant 8Cry11 and the parental Cry11Aa, the toxicity of the mutants was evaluated, against first stage larvae of A. aegypti. The results showed loss of toxicity for the variants under study, which indicated that substituted amino acids in domain III were strongly possible involved in the loss of toxicity due to structural features.
- PublicaciónAcceso abiertoCaracterización de la Diversidad Microbiana de Suelos Destinados a Cultivos de Ananas comosus (piña), Tratados con Distintos Plaguicidas en el Municipio de Lebrija, Santander(Bucaramanga : Universidad de Santander, 2021, 2021-05-06) Bravo Granados, Natalia Andrea; Rueda Forero, Nohora Juliana; Suárez Barrera, Miguel OrlandoEl suelo es un hábitat diverso, su composición varía dependiendo del uso, condiciones climáticas y actividades antropogénicas; y conocer los microorganismos presentes requiere la implementación de herramientas de secuenciación de nueva generación. Ananás comosus es un cultivo de gran importancia para Santander, sin embargo, los estudios referentes a la caracterización biológica del suelo asociado, son escasas en la región y en el país. En ese sentido, este trabajo se centró en la caracterización microbiana del suelo destinado a un cultivo de piña. Para lograrlo, las muestras se tomaron aleatoriamente de cuatro lotes a 20 cm de profundidad, obteniendo un total de 14 muestras. Se estandarizó el protocolo de extracción de ADN genómico total de suelo y la cantidad de ADN de cada muestra fue >60 ng/μl. Posteriormente se enviaron a secuenciar a MacroGen mediante la plataforma Illumina MiSeq (2x300 pb), obteniéndose un total de 1’518.101 secuencias de las muestras analizadas. El empleo de herramientas metagenómicas como el FASTQC y el MG-RAST, permitieron establecer la calidad de las secuencias obtenidas y la clasificación desde dominio hasta género de los microorganismos presentes en los suelos estudiados. Filo como Actinobacteria (>50%), Acidobacteria (>18%), Firmicutes (>16%) y Verrumicrobia (>10%), se encontraron con mayor predominancia entre las 14 muestras estudiadas. A nivel de género se encontraron en abundancia Candidatus Koribacter, Streptomyces, Isosphaera, Bacillus, Candidatus Solibacter y Actinomadura. Con respecto a la diversidad α, esta varía por las condiciones nutricionales del suelo, es por esto que en la muestra del suelo Blanco los valores de esta diversidad son los más bajos. Finalmente, se evidenció elevada similitud entre la composición de las comunidades microbianas de los cuatro suelos en estudio, indicando que el plaguicida y el bioplaguicida, no tienen un efecto significativo en la composición de la población microbiana presentes en la rizosfera del cultivo de piña.
- PublicaciónAcceso abiertoCharacterization of biodeteriorating microorganisms in buildings in Bucaramanga, Colombia(2019) Mantilla, K.; Suárez Barrera, M.; Rueda Forero, Nohora Juliana; Guarín Villamizar, Oscar Darío; Gómez Camargo, Fausto-Ramón; Durán, S.M.; Tiria Sandoval, Luis-CarlosThe action of the microorganisms upon the integrity of the constructing material is termed Biodeterioration, concrete resistance to the action of the microorganisms is considered an indirect measurement of its durability and could be used as a marker of the integrity of the structure. In Colombia, the studies considering this parameter are rare. The objective of this study was to isolate and characterize the microbial communities present in areas with evident deterioration in the selected buildings. To accomplish this, isolation, culturing and molecular identification of the isolates was performed. Results showed that Cladosporium spp, Aspergillus spp, Mucor spp, Penicillium spp, Penicillium spp, Rhizopus spp, Fusarium spp, Geotrichum spp, and bacterial genera such as Bacillus spp and Amphibacillus spp, coexist within the biofilms sampled. This study is a description and a starting point to deepen the characterization of these communities and to understand the role they perform in the integrity of the building materials considering the climatic and environmental conditions.
- PublicaciónAcceso abiertoDeterminación de la Actividad Antimicrobiana y Hemolítica de Fragmentos Peptídicos Nativos de la Toxina Cry46Aa1 Frente a Pseudomonas sp(Bucaramanga : Universidad de Santander, 2021, 2021-02-11) Olarte Díaz, Andrés Felipe; Cruz Laitón, Jennifer; Rueda Forero, Nohora Juliana; Suárez Barrera, Miguel OrlandoBacillus thuringiensis (Bt) es una bacteria Gram-positiva, aerobia, que se caracteriza por producir cristales parasporales -proteínas Cry- con efectos insecticidas frente a plagas. Sin embargo, en los últimos años se ha documentado que un grupo de proteínas Cry no presentan actividad insecticida o hemolítica, presentan actividad frente a bacterias o células cancerígenas. Aunque el mecanismo de acción de este grupo de proteínas no se ha elucidado completamente, la fragmentación de ésta en péptidos, acompañada con un soporte computacional pueden dar luces de los sitios de unión o la forma de internalización celular. La característica anfipática de este grupo de compuestos, péptidos, es crucial para la interacción con la membrana, donde las cargas positivas en este grupo de moléculas son importantes para generar selectividad, al interactuar de formas distintas con las membranas bacterianas, que están densamente poblados por fosfolípidos con carga negativa. Por consiguiente, pueden tener una alta probabilidad de ser antimicrobianos. Basados en estas consideraciones, en este estudio se evaluó la actividad de tres fragmentos peptídicos derivados de la proteína Cry46Aa1 denominados: P264-G274, Loop1-PS2Aa y Loop2-PS2Aa frente a especies fitopatógenas de Pseudomonas sp, bacteria que se caracteriza por afectar los cultivos de interés en la región nororiental de nuestro país. Inicialmente, se realizó una cinética de crecimiento para conocer el tiempo de duplicación de la cepa fitopatógena y se evaluó la actividad hemolítica de cada uno de los compuestos. Así mismo, se determinó la Concentración Mínima Inhibitoria (CMI) y Concentración Mínima Bactericida (CMB) de los péptidos frente a la bacteria anteriormente mencionada. Adicionalmente, las concentraciones analizadas de los compuestos fueron en un rango de concentración de 4 a 150μM, siendo el péptido Loop2-PS2Aa el más bioactivo obteniendo porcentajes de inhibición de 44.41% y 51.98% a las concentraciones de 100 μM y 150 μM, respectivamente. Asimismo, se evaluaron concentraciones más altas para este compuesto. Se empleó el agroquímico Oxicloruro de cobre (Cu2(OH)3Cl) como control positivo a las mismas concentraciones que los péptidos mostrando una menor inhibición a concentraciones bajas en comparación con el péptido Loop2-PS2Aa. Sin embargo, a la concentración recomendada (2g/L o 9364.6 μM) para tratar especies fitopatógenas de Pseudomonas sp inhibió el 99.9% de crecimiento, siendo esta la CMB. Con los resultados obtenidos se pretende recopilar información acerca de posibles fragmentos bioactivos de la toxina Cry46Aa1 del dominio I, que aún no se han evaluado frente a bacterias fitopatógenas.
- PublicaciónAcceso abiertoDeterminación de la inhibición de quorum sensing por la variante lactonasa 852 sobre la producción de biopelículas en bacterias gram negativas multidrogoresistentes.(Bucaramanga : Universidad de Santander, 2018, 2018-04-09) Gallardo Castro, Johana A.; Rueda Forero, Nohora Juliana; Florez, Alvaro M.La regulación de la expresión génica asociada a la producción de biopelículas en bacterias Gram negativas es mediada por Quórum Sensing (QS). Estudios previos han demostrado la degradación de señales QS de la variante lactonasa epp852 y la atenuación in vitro de infecciones producidas por Pectobacterium carotovorum, Agrobacterium tumefaciens y Pseudomonas aeruginosa PAO1. Materiales y Métodos: se investigó la inhibición de señales QS y la formación de biopelículas en bacterias Gram negativas multidrogoresistentes, empleando la lactonasa recombinante epp852. Se tamizaron cepas provenientes de muestras clínicas, previamente aisladas e identificadas con patrón de resistencia antibiótica. Se evaluó la producción de señales QS dependientes de acíl homoserina lactona (AHL) mediante el biosensor Chromobacterium violaceum. Se cuantificó la violaceína producida y se determinó la formación de biopelículas mediante la microtitulación en placa y cuantificación de cristal violeta. Las cepas que produjeron señales AHLs y formaron biopelículas se sometieron a estudios de inhibición QS con la lactonasa recombinante epp852. Resultados: se identificaron 29 aislamientos Gram negativos con fenotipos de resistencia y sensibilidad antibiótica que producen señales AHL. En el aislamiento 92, S. marcescens productora de betalactamasa, se obtuvo una inhibición del 98.12%, en la formación de la biopelícula y para el aislamiento 28, P. aeruginosa sensible se obtuvo una reducción en el índice de formación de biopelícula del 36.4%. Se observó diferencia estadísticamente significativa al comparar el tratamiento con lactonasa para P. aeruginosa (P= 0,038) y S. marcescens (P= 0,028) Conclusiones: El efecto de la atenuación de la variante epp852 en microorganismos patógenos, permite el desarrollo de nuevas estrategias biomédicas para el control de las infecciones originadas por bacterias Gram negativas multidrogo resistentes.
- PublicaciónRestringidoEvaluación del Efecto Inhibitorio de la Comunicación Celular de Pectobacterium Carotovorum Generado por el Aislado Stenotrophomonas Sp-HSL25(2021-01-18) Escalante-Valek, Mariana; Rueda Forero, Nohora Juliana; Suarez-Barrera, Miguel OrlandoLas acíl homoserina acilasas son enzimas que integran la superfamilia de las nucleófilo N-terminal (Ntn) hidrolasas, que intervienen en la degradación de señales inductoras tipo acíl homoserina lactona (AHL), su actividad permite detener la comunicación celular (QS). A través de un proyecto de bioprospección realizado en el año 2009 por el grupo de investigación BioMol, se obtuvo el aislado HSL25, identificado como Stenotrophomonas sp por medio de PCR y secuenciación molecular, donde se encontró el gen que codifica a una proteína tipo acilasa atípica, perteneciente a la familia penicilin acilasa; por esta razón, se planteó como objetivo principal evaluar la actividad inhibitoria de Quórum Sensing de la acilasa HSL-25 frente a Pectobacterium carotovorum en modelos de Solanum tuberosum. Anteriormente, Stenotrophomonas sp - HSL25 demostró aprovechar como fuente nutricional diferentes señales AHL, por ello, se efectuaron ensayos para determinar su actividad acilasa utilizando la cepa biosensor Chromobacterium violaceum (CV026) frente a las señales N-butiril-L- homoserina lactona (C4 -AHL), N-hexanoil-L-homoserina lactona (C6- HSL), N-3-oxohexanoil-L-homoserina lactona (3-oxo-C8-HSL), la N- octanoil-L-homoserina lactona (C8-HSL) y N- dodecil homoserina lactona (C12- AHL) sintéticas; adicionalmente y con el fin de asegurar que la actividad se debe únicamente a la acción de la proteína HSL25, se construyó una cepa recombinante que portara el gen descrito para la acilasa. Las cepas nativa y recombinante mostraron alta actividad en la utilización de las señales con cadena acíl lateral corta (C4 Y C6 AHL), a su vez, la suspensión extracelular de HSL25 produjo un efecto completamente inhibitorio sobre la infección causada por Pectobacterium caratovorum que origina la podredumbre blanda de la papa.
- PublicaciónAcceso abiertoGenetic modification approaches for parasporins bacillus thuringiensis proteins with anticancer activity(MDPI, 2021-12-10) Suarez-Barrera, Miguel Orlando; Visser, Lydia; Rondon-Villarreal, Paola; Herrera-Pineda, Diego Fernando; Alarcon-Aldana, Juan S.; Van den Berg, Anke; Orozco, Jahir; Pinzon- Reyes, Efrain-Hernando; Moreno, Ernesto; Rueda Forero, Nohora Juliana; MasiraBacillus thuringiensis (Bt) is a bacterium capable of producing Cry toxins, which are recognized for their bio-controlling actions against insects. However, a few Bt strains encode proteins lacking insecticidal activity but showing cytotoxic activity against different cancer cell lines and low or no cytotoxicity toward normal human cells. A subset of Cry anticancer proteins, termed parasporins (PSs), has recently arisen as a potential alternative for cancer treatment. However, the molecular receptors that allow the binding of PSs to cells and their cytotoxic mechanisms of action have not been well established. Nonetheless, their selective cytotoxic activity against different types of cancer cell lines places PSs as a promising alternative treatment modality. In this review, we provide an overview of the classification, structures, mechanisms of action, and insights obtained from genetic modification approaches for PS proteins.
- PublicaciónAcceso abiertoIdentificación Molecular de Levaduras Asociadas a la Fermentación de Cacao Artesanal en el Departamento de Santander(Bucaramanga : Universidad de Santander, 2021, 2021-01-25) León Díaz, Laura Katherine; Rueda Forero, Nohora Juliana; Sandoval Lozano, Claudia JohannaEl cacao ha sido priorizado en Colombia como uno de los productos agropecuarios con mayor potencial gracias al reconocimiento mundial de la calidad de los genotipos que se cultivan en el país (cacao criollo, forastero e híbrido) ya que cuenta con las condiciones adecuadas para el cultivo de este fruto. La fermentación es un proceso de reacciones químicas, mediante las cuales, los azúcares contenidos en la pulpa se transforman en productos como agua, alcohol etílico y ácido acético, entre otras sustancias, por la acción de microorganismos como las levaduras. En este estudio se realizó una caracterización e identificación molecular de levaduras relacionadas a la fermentación de cacao (Theobroma cacao L) mediante PCR punto final de las regiones 5.8S ITS y 26S (dominio D1/D2) del ADN ribosomal (ADNr) utilizando dos pares de cebadores específicos para cada región (ITS y NL) empleando así los siguientes ITS1 (5'- TCCGTAGGTGAACCTGCGG-3') e ITS4 (5'-TCCTCCGCTTATTGATATGC-3'); NL-1F (5’- GCA TAT CAA TAA GCG GAG GAA AAG-3’) y NL-4R (5’-GGT CCG TGT TTC AAG ACG G-3’) realizando un análisis filogenético para las regiones y determinar su género y especie. Se identificaron un total de 40 aislados destacándose Hanseniaspora opuntiae, Pichia kluyverii y Torulaspora delbrueckii como las levaduras dominantes en este estudio, seguidas de Cándida parapsilopsis, Cándida sobosivorans, Criptococcus sp, Hanseniospora meyeri, Pichia kluyverii, Pichia kudriavzevii, Pichia mashurica, Pichia occidentalis, Rhodotorula acuta, Rhodotorula mucilaginosa, Saccharomyces cerevisiae, y Wickerhamomyces anomalus, todas estas con capacidad productoras de compuestos volátiles que le aportan propiedades organolépticas a los granos de cacao.
- PublicaciónAcceso abiertoIdentificación y Caracterización de Parasporinas, Obtenidas de Aislados de Bacillus spp Nativos de Suelos Colombianos(Bucaramanga : Universidad de Santander, 2021, 2021-01-28) Castro Pinzón, Yaren Yorlady; Suárez Barrera, Miguel Orlando; Rueda Forero, Nohora JulianaA pesar del desarrollo de diversos procedimientos médicos enfocados hacia el tratamiento del cáncer, al día de hoy siguen existiendo falencias en la preservación de tejidos sanos. Por lo anterior, las nuevas estrategias se han centrado en el uso de moléculas biológicas específicas con potencial anticancerígeno. En este sentido, durante los últimos años, han aumentado las investigaciones con Bacillus thuringiensis (Bt), un microorganismo Grampositivo caracterizado por la producción de inclusiones cristalinas que resultan tóxicas hacia varios órdenes de insectos. En los estudios más recientes se ha reportado que Bt también tiene la capacidad de sintetizar proteínas no insecticidas conocidas como Parasporinas (PS), las cuales producen cristales que presentan citotoxicidad contra diferentes líneas celulares de cáncer. El presente proyecto se enfocó en la identificación de genes parasporales en 13 aislamientos de Bacillus spp de la colección del Laboratorio de Biología Molecular y Biotecnología de la Universidad de Santander aisladas de suelos colombianos, por medio de la estandarización de la técnica molecular de reacción en cadena de la polimerasa (PCR). Los análisis en geles de agarosa permitieron determinar la presencia de amplicones de interés para PS1 en los aislados 87 y 88B y para PS2 en el aislado 67. La comparación de la secuencia de aminoácidos del producto de PCR de PS2 con la proteína de referencia PS2Aa1 mostró un porcentaje de identidad del 99%. Así mismo, se evidenció una relación filogenética estrecha entre las secuencias de los amplicones de interés de los aislados 67 y 88B, sugiriendo un alto nivel de conservación entre los genes que codifican PS1 y PS2. Hasta el momento, este es el primer informe de investigaciones con toxinas PS en el territorio colombiano, indicando la existencia de aislados nativos en el país con potencial para la producción de estas proteínas.
- PublicaciónAcceso abiertoIdentification, cloning and lactonase activity of recombinant protein of N-acyl homoserine lactonase (AiiA) from Bacillus thuringiensis 147-115-16 strain(2014-07) Florez, Alvaro M.; González, Adriana; Pedroza, Carmen Julia; Correa, Elizabeth; Rueda Forero, Nohora Juliana; Orduz, SergioThe quorum-quenching N-acyl homoserine lactonases are a family of bacterial metalloenzymes that participate in degradation of N-acyl homoserine lactones (AHLs), disrupting the quorum sensing system of gram negative bacterial species. From a collection of Bacillus thuringiensis strains isolated in Colombia from plants and exhibiting toxic activity against lepidopteran insects, 310 bacterial isolates were tested to determine lactonase activity by using biosensor systems in presence of synthetic N-hexanoyl-L-homoserine lactone (C6-HSL) and N-octanoyl-L-homoserine lactone (C8-HSL). From them, 251 strains showed degrading activity to both C6-HSL and C8-HSL, 57% exhibited degrading activity to C6-HSL and 43% to C8-HSL. One B. thuringiensis strain, denoted as 147-115-16, that exhibit high degrading activity to C6-HSL and C8-HSL, was able to attenuate soft rot symptoms in infected potato slices with Pectobacterium carotovorum. This strain contains an homologous of the aiiA gene that was cloned, sequenced and expressed in Esherichia coli DE3. The recombinant protein AiiA147-11516 display activity to C6-HSL, C8-HSL, N-(β-ketocaproyl) (3-O-C6-HSL) and N-3-oxo-dodecanoyl (3-O-C12-HSL). The recombinant strain in the presence of P. caratovorum cultures was able to attenuate the infection, suggesting that it interferes either on the accumulation or response to the AHLs signals. Acording to this data and based on previous report from recombinant AiiA147-11516, this enzyme exhibit activity to wide range of catalytic substrates suggesting its industrial application in the disease control programs by plants transformation.