Caracterización de la Diversidad Microbiana de Suelos Destinados a Cultivos de Ananas comosus (piña), Tratados con Distintos Plaguicidas en el Municipio de Lebrija, Santander
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Resumen en español
El suelo es un hábitat diverso, su composición varía dependiendo del uso, condiciones climáticas y actividades antropogénicas; y conocer los microorganismos presentes requiere la implementación de herramientas de secuenciación de nueva generación. Ananás comosus es un cultivo de gran importancia para Santander, sin embargo, los estudios referentes a la caracterización biológica del suelo asociado, son escasas en la región y en el país. En ese sentido, este trabajo se centró en la caracterización microbiana del suelo destinado a un cultivo de piña. Para lograrlo, las muestras se tomaron aleatoriamente de cuatro lotes a 20 cm de profundidad, obteniendo un total de 14 muestras. Se estandarizó el protocolo de extracción de ADN genómico total de suelo y la cantidad de ADN de cada muestra fue >60 ng/μl. Posteriormente se enviaron a secuenciar a MacroGen mediante la plataforma Illumina MiSeq (2x300 pb), obteniéndose un total de 1’518.101 secuencias de las muestras analizadas. El empleo de herramientas metagenómicas como el FASTQC y el MG-RAST, permitieron establecer la calidad de las secuencias obtenidas y la clasificación desde dominio hasta género de los microorganismos presentes en los suelos estudiados. Filo como Actinobacteria (>50%), Acidobacteria (>18%), Firmicutes (>16%) y Verrumicrobia (>10%), se encontraron con mayor predominancia entre las 14 muestras estudiadas. A nivel de género se encontraron en abundancia Candidatus Koribacter, Streptomyces, Isosphaera, Bacillus, Candidatus Solibacter y Actinomadura. Con respecto a la diversidad α, esta varía por las condiciones nutricionales del suelo, es por esto que en la muestra del suelo Blanco los valores de esta diversidad son los más bajos. Finalmente, se evidenció elevada similitud entre la composición de las comunidades microbianas de los cuatro suelos en estudio, indicando que el plaguicida y el bioplaguicida, no tienen un efecto significativo en la composición de la población microbiana presentes en la rizosfera del cultivo de piña.
Resumen en ingles
The soil is a diverse habitat, its composition varies depending on the use, climatic conditions and anthropogenic activities; and knowing the groups of microorganisms present requires the implementation of next-generation sequencing tools. Ananas comosus is a crop of great importance for Santander, however, studies referring to the biological characterization of the associated soil are scarce in the region and the country. In this sense, this work focused on the microbial characterization of the soil destined for a pineapple crop. The samples were randomly taken from four batches at a depth of 20 cm, obtaining a total of 14 samples. The total genomic soil DNA extraction protocol was standardized and the amount of DNA in each sample was> 60 ng / μl. Subsequently, they were sent to be sequenced to MacroGen using the Illumina MiSeq platform, obtaining a total of 1,518,101 sequences of the analyzed samples. The use of metagenomic tools such as FASTQC and MG-RAST made it possible to establish the quality of the sequences obtained and the classification from domain to the gender of the microorganisms present in the soils studied. Phylum such as Actinobacteria (> 50%), Acidobacteria (> 18%), Firmicutes (> 16%) and Verrumicrobia (> 10%), were found to be more prevalent among the 14 samples studied. At the genus level, Candidatus Koribacter, Streptomyces, Isosphaera, Bacillus, Candidatus Solibacter and Actinomadura were found in abundance. Concerning the diversit