Examinando por Materia "Metagenómica"

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    Caracterización de la Diversidad Microbiana de Suelos Destinados a Cultivos de Ananas comosus (piña), Tratados con Distintos Plaguicidas en el Municipio de Lebrija, Santander
    (Bucaramanga : Universidad de Santander, 2021, 2021-05-06) Bravo Granados, Natalia Andrea; Rueda Forero, Nohora Juliana; Suárez Barrera, Miguel Orlando
    El suelo es un hábitat diverso, su composición varía dependiendo del uso, condiciones climáticas y actividades antropogénicas; y conocer los microorganismos presentes requiere la implementación de herramientas de secuenciación de nueva generación. Ananás comosus es un cultivo de gran importancia para Santander, sin embargo, los estudios referentes a la caracterización biológica del suelo asociado, son escasas en la región y en el país. En ese sentido, este trabajo se centró en la caracterización microbiana del suelo destinado a un cultivo de piña. Para lograrlo, las muestras se tomaron aleatoriamente de cuatro lotes a 20 cm de profundidad, obteniendo un total de 14 muestras. Se estandarizó el protocolo de extracción de ADN genómico total de suelo y la cantidad de ADN de cada muestra fue >60 ng/μl. Posteriormente se enviaron a secuenciar a MacroGen mediante la plataforma Illumina MiSeq (2x300 pb), obteniéndose un total de 1’518.101 secuencias de las muestras analizadas. El empleo de herramientas metagenómicas como el FASTQC y el MG-RAST, permitieron establecer la calidad de las secuencias obtenidas y la clasificación desde dominio hasta género de los microorganismos presentes en los suelos estudiados. Filo como Actinobacteria (>50%), Acidobacteria (>18%), Firmicutes (>16%) y Verrumicrobia (>10%), se encontraron con mayor predominancia entre las 14 muestras estudiadas. A nivel de género se encontraron en abundancia Candidatus Koribacter, Streptomyces, Isosphaera, Bacillus, Candidatus Solibacter y Actinomadura. Con respecto a la diversidad α, esta varía por las condiciones nutricionales del suelo, es por esto que en la muestra del suelo Blanco los valores de esta diversidad son los más bajos. Finalmente, se evidenció elevada similitud entre la composición de las comunidades microbianas de los cuatro suelos en estudio, indicando que el plaguicida y el bioplaguicida, no tienen un efecto significativo en la composición de la población microbiana presentes en la rizosfera del cultivo de piña.
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    Acceso abierto
    Caracterización de la Microbiocenosis Asociada al Deterioro en Edificaciones Antiguas y Posibles Bienes de Interés Cultural en el área Metropolitana de Bucaramanga: una Aproximación Metagenómica
    (Universidad de Santander, 2023-07-07) Garcés-Manosalva, Rubén Darío; Rueda-Forero, Nohora Juliana; Herrera-Pineda, Diego Fernando; Valdivieso-Quintero, Wilfredo; Mantilla-Paredes, Andrea Juliana
    El presente Trabajo de Grado tuvo como objetivo principal caracterizar la microbiocenosis asociada al biodeterioro en edificaciones antiguas y posibles bienes de interés cultural en el área metropolitana de Bucaramanga. Para llevar a cabo este análisis microbiológico, se utilizó el Laboratorio de Biología Molecular y Biotecnología de la Universidad de Santander UDES. El muestreo se realizó en la Casa de la Cultura Piedra del Sol, ubicada en Floridablanca, Santander. Se empleó la plataforma MG-RAST para lograr una identificación precisa de los microorganismos hasta nivel de género. Esta identificación se basó en el uso de metadatos detallados que proporcionaban información esencial sobre la muestra analizada, los objetivos del estudio, el lugar exacto de recolección, el tipo de librería utilizada y los genes y regiones secuenciadas. Los análisis se llevaron a cabo mediante el uso de algoritmos basados en similaridad, lo que permitió realizar asignaciones taxonómicas precisas. La concentración de ADN obtenida en el análisis fue de 500 ng/µL. En términos generales, se puede concluir que el biodeterioro que afecta los materiales que forman parte del ecosistema de un bien cultural se define como el proceso en el cual las actividades vitales de los organismos resultan en cambios indeseables en las propiedades de dicho material. Gran parte de la microbiocenosis descrita en este estudio son conocidos por su capacidad de deteriorar diversos materiales entre ellos el concreto. Es importante destacar que en esta investigación se obtuvieron datos veraces y precisos, lo que indica que el proceso de secuenciación se llevó a cabo de manera satisfactoria.