Examinando por Materia "Molecular docking"

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    Acceso abierto
    Diseño asistido por computadora de péptidos antibacterianos no tóxicos
    (2018) Rondón Villarreal, Paola; Pinzón Reyes, Efraín-Hernando
    La resistencia a los antimicrobianos está aumentando a un ritmo alarmante y la cantidad de nuevos antibióticos desarrollados y aprobados ha disminuido en las últimas décadas, básicamente debido a obstáculos económicos y regulatorios. Las bacterias patógenas que son resistentes a múltiples o todos los antibióticos disponibles se aíslan con frecuencia. Por lo tanto, se necesitan con urgencia nuevos agentes antibacterianos y los péptidos antimicrobianos se consideran una posible solución a esta importante amenaza. Estas moléculas son pequeñas proteínas de defensa del huésped que forman parte del sistema inmunitario de la mayoría de los organismos vivos, como plantas, bacterias, invertebrados, vertebrados y mamíferos. Estos péptidos se encuentran en aquellas partes de organismos que están expuestos a patógenos y son activos contra múltiples organismos como virus, bacterias y parásitos, entre otros.
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    Acceso abierto
    Ib-M6 Antimicrobial Peptide
    (Basilea : MDPI, 2020, 2020-02-12) Flórez Castillo, Johanna-Marcela; Rondón Villarreal, Paola; Ropero Vega, José Luis; Mendoza Espinel, Stephany Y.; Moreno Amézquita, July A.; Méndez Jaimes, Karen D.; Farfán García, Ana Elvira; Gómez Rangel, Sergio-Yebrail; Gómez-Duarte, Oscar G.; Universidad de Santander
    El péptido Ib-M6 tiene actividad antibacteriana contra la cepa K-12 de Escherichia coli no patógena . La primera parte de este estudio determina la actividad antibacteriana de Ib-M6 contra catorce cepas patógenas de E. coli O157: H7. El ensayo de susceptibilidad mostró que Ib-M6 tenía valores de Concentración Inhibitoria Mínima (MIC) más bajos que la estreptomicina, usada como antibiótico de referencia. Además, para predecir la posible interacción entre Ib-M6 y los componentes de la membrana externa de E. coli, utilizamos simulaciones de acoplamiento molecular donde la proteína FhuA y su complejo con Lipopolisacárido (LPS-FhuA) se utilizaron como objetivos del péptido. Los complejos FhuA / Ib-M6 tenían valores de energía entre -39,5 y -40,5 unidades de energía Rosetta (REU) y solo un enlace de hidrógeno. En contraste, los complejos entre LPS-FhuA e Ib-M6 mostraron valores de energía entre -25,6 y -40,6 REU, y la presencia de cinco posibles enlaces de hidrógeno. Por tanto, la actividad antimicrobiana del péptido Ib-M6 mostrada en los ensayos experimentales podría deberse a su interacción con la membrana externa de E. coli .
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    Acceso abierto
    Ib-M6 antimicrobial peptide: Antibacterial activity against clinical isolates of Escherichia coli and molecular docking
    (2020-03-12) Flórez Castillo, Johanna-Marcela; Rondón Villarreal, Paola; Ropero Vega, José Luis; Mendoza Espinel, Stephany Y.; Moreno Amézquita, July A.; Méndez Jaimes, Karen D.; Farfán García, Ana Elvira; Gómez Rangel, Sergio-Yebrail; Gómez Duarte, Oscar Gilberto; CLINIUDES; CIBAS
    The Ib-M6 peptide has antibacterial activity against non-pathogenic Escherichia coli K-12 strain. The first part of this study determines the antibacterial activity of Ib-M6 against fourteen pathogenic strains of E. coli O157:H7. Susceptibility assay showed that Ib-M6 had values of Minimum Inhibitory Concentration (MIC) lower than streptomycin, used as a reference antibiotic. Moreover, to predict the possible interaction between Ib-M6 and outer membrane components of E. coli, we used molecular docking simulations where FhuA protein and its complex with Lipopolysaccharide (LPS–FhuA) were used as targets of the peptide. FhuA/Ib-M6 complexes had energy values between −39.5 and −40.5 Rosetta Energy Units (REU) and only one hydrogen bond. In contrast, complexes between LPS–FhuA and Ib-M6 displayed energy values between −25.6 and −40.6 REU, and the presence of five possible hydrogen bonds. Hence, the antimicrobial activity of Ib-M6 peptide shown in the experimental assays could be caused by its interaction with the outer membrane of E. coli. View Full-Text
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    Acceso abierto
    Identification of potential natural neuroprotective molecules for Parkinson's disease by using chemoinformatics and molecular docking
    (2020-01-01) Rondón Villarreal, Paola; Contreras López, William-Omar
    Parkinson’s disease is a progressive nervous system disorder characterized by motor, cognitive, sensory, psychiatric, and autonomic disturbances. While there is currently no cure for Parkinson’s Disease, medication can offer relief from its symptoms for many years. Although these medications are considered safe, they can present acute or chronic side effects and can become less effective over time. Thus, new medications are highly needed. In this regard, α-synuclein is a protein of great interest to Parkinson’s researchers because it is a major constituent of Lewy bodies, which are protein clumps being the pathological hallmark of Parkinson’s disease. However, current medications are not focused on the inhibition of α-synuclein oligomerization, and therefore, therapeutics preventing the formation of these bodies through the inhibition of α-synuclein oligomerization may play a role in the fight against this and other synucleinopathies. In this study, we used chemoinformatics tools and molecular docking simulations to analyze molecules that have been experimentally tested and bound to α-synuclein, causing neuroprotective or neurotoxic activity, and whose results have been used to select potential natural neuroprotective molecules. We identified 6 potential natural neuroprotective molecules that are similar in their chemical structure to neuroprotective molecules and have a high number of hydrogen bonds with α-synuclein. We expect that these molecules may lead to the design or discovery of new effective treatments for Parkinson’s disease.