Examinando por Materia "Oligonucleotides"

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    Diseño y Evaluación de Oligonucleótidos Para el Clonaje de un Fragmento de ADN Asociado con Lipasas Extracelulares de Candida palmioleophila en el Vector de Expresión pKLAC2
    (Universidad de Santander, 2023-09-16) Rojas-Pérez, Juan David; Valdivieso-Quintero, Wilfredo; Rueda-Forero, Nohora Juliana; Herrera-Pineda, Diego Fernando; Ciencias Básicas y Aplicadas para la Sostenibilidad – CIBAS
    La levadura Candida palmioleophila (C. palmioleophila) es un microorganismo con potencial para la producción de lipasas. Se ha investigado sobre los genes que codifican proteínas con actividad lipolítica en esta levadura, sin embargo, a la fecha se ha expresado solo uno que corresponde a una proteína de alrededor de 27 KDa. El objetivo del presente trabajo es diseñar oligonucleótidos que permitan la amplificación de una secuencia de ADN asociada con lipasas extracelulares de C. palmioleophila para su inserción en vectores de expresión. Para lograr esto, se realizó el diseño de oligonucleótidos que permitan la amplificación del fragmento de interés en este caso un segmento denominado Secuencia 8 (Sec8). Los oligonucleótidos se evaluaron para identificar la especificidad de la amplificación y luego ser usados para reacción en cadena de la polimerasa (RCP) convencional. Se observo una correcta amplificación permitiendo confirmar, que los oligonucleótidos diseñados eran funcionales, así mismo se dio una correcta escisión por parte de las enzimas en el plásmido y en la secuencia, sin embargo, no se logró evidenciar la inserción del fragmento amplificado en el vector de expresión. Aunque no se obtuvieron clones con la secuencia esperada, este trabajo permitió identificar que los oligonucleótidos diseñados permiten la amplificación del fragmento de ADN de la lipasa Seq8.
  • Publicación
    Acceso abierto
    Evaluación de nuevas sondas de oligonucleótidos para la detección de bacterias sulfato reductoras
    (Bucaramanga : Universidad de Santander, 2018, 2018-07-16) Sanmiguel Tarazona, María Angélica; Valdivieso Quintero, Wilfredo
    Sulfate reducing bacteria are the main cause of corrosion induced by microorganisms in the oil industry because they generate sulfide acid and thus are affected structures, equipment and machinery of metal, as well as crude causing damage and economic losses. The enzyme responsible for the reduction of sulfate disassimilation is encoded by different genes, including the most studied gene dsrA, used for the detection and quantification of these bacteria. In this work, was standardized the polymerase chain reaction (PCR) technique for the detection of the DsrA gene, using new oligonucleotides previously designed by the young investigator Karen Angarita. For this, an analysis was made "in silico" of the control oligonucleotides and the oligonucleotides with potential to amplify the gene of interest, three different polymerases were evaluated, and the respective detection limits were determined. The amplified products were analyzed using agarose gels at 1.5%. The genomic DNA of Desulfovibrio vulgaris (ATCC 29579) was used as a positive control. The results show that the oligonucleotides designed have the potential to be used to detect sulfate reducing bacteria, since they showed no DNA amplification of other possible bacteria present in samples of interest in the industry Oil and with a detection limit of 1×10−5 ng of Desulfovibrio vulgaris DNA.