Evaluación de la Interacción de los Péptidos Ib-M1 e Ib-M2 con los Ácidos Nucleicos de Escherichia coli
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Resumen en español
Introducción: En los últimos años, se ha visto un rápido aumento de la resistencia a los antimicrobianos, lo que ha generado demoras en tratamientos hospitalarios, aumento de la mortalidad y el desarrollo de superbacterias resistente a muchos antibióticos, por la cual se ha incrementado la búsqueda de nuevas alternativas terapéuticas para disminuir o eliminar este problema. En este sentido, los péptidos antimicrobianos, son moléculas formadas por residuos de aminoácidos, que tiene la capacidad de interactuar con la membrana lipídica de las bacterias y algunos tiene la capacidad de interactuar con mecanismos intracelulares. Metodología: Se realizó la extracción de los ácidos nucleicos (ADN y ARN) de E. coli ATCCC25922, mediante kits comerciales. Para los ensayos de cambio en la movilidad electroforética (EMSA) se usaron concentraciones de los péptidos en el orden μM y fijas de ADN o ARN. La interacción entre péptidos y ácidos nucleicos se realizo en tres tiempos de exposición (30, 60 y 90 minutos). Se usó el péptido Buforina II como control positivo. Luego del tratamiento, las interacciones se visualizaron mediante electroforesis en geles de agarosa. Para estimar los sitios de interacción, entre el material genético y los péptidos se realizó un docking molecular in silico en diferentes plataformas bioinformáticas. Conclusiones: Se observó retardo en la movilidad electroforética del ADN y ARN en los tiempo evaluados y esta interacción fue dosis-dependiente comparada con el control Buforina II. In silico, los péptidos interaccionan en común con los aminoácidos Arginina, Glicina, sin embargo el péptido Ib-M2, genera otras interacciones con los aminoácidos Triptófano, Glutamina generando un mayor desempeño a comparación del péptido Ib-M1.
Resumen en ingles
Introduction: In recent years, there has been a quick increase in antimicrobial resistance, leading to delays in hospital's treatments, increased mortality, and the development of superbugs resistant to many antibiotics. This has prompted the search for new therapeutic alternatives to reduce or eliminate this problem. One potential candidate is antimicrobial peptides, which are molecules composed of amino acid residues that have the ability to interact with the lipid membrane of bacteria, and some can also interact with intracellular mechanisms. Methodology: The genetic material (DNA/RNA) of E. coli ATCCC25922 was extracted using commercial kits. It was then used to interact with the antimicrobial peptides Ib-M1 and Ib-M2 through an electrophoretic mobility shift assay (EMSA) at the in vitro level. To estimate the interaction sites between the genetic material and peptides, a molecular docking was performed in silico through various bioinformatics platforms. Conclusions: A considerable delay was observed in the electrophoretic mobility of DNA and RNA at the evaluated times, and this interaction was dose-dependent compared to the Buforina II control. In silico the peptides commonly interact with the amino acids Arginine, Glycine. However, the Ib-M2 peptide generates other interactions with the amino acids Tryptophan, Glutamine, resulting in better performance compared to the Ib-M1 peptide.