Examinando por Autor "Herrera-Pineda, Diego Fernando"

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    Restringido
    Biodeterioro del Concreto en un Puente Vehicular de la Ciudad de Bucaramanga, Descripción de la Microbiota Presente Mediante una Aproximación Metagenómica.
    (Universidad de Santander, 2024-11-28) Correa-Duran, Rodrigo Andrés; Rueda-Forero, Nohora Juliana; Herrera-Pineda, Diego Fernando; Quintero-Valdivieso, Wilfredo; León-Gallo, Amalia Fernanda; Laboratorio Biomol
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    Acceso abierto
    Caracterización de la Microbiocenosis Asociada al Deterioro en Edificaciones Antiguas y Posibles Bienes de Interés Cultural en el área Metropolitana de Bucaramanga: una Aproximación Metagenómica
    (Universidad de Santander, 2023-07-07) Garcés-Manosalva, Rubén Darío; Rueda-Forero, Nohora Juliana; Herrera-Pineda, Diego Fernando; Valdivieso-Quintero, Wilfredo; Mantilla-Paredes, Andrea Juliana
    El presente Trabajo de Grado tuvo como objetivo principal caracterizar la microbiocenosis asociada al biodeterioro en edificaciones antiguas y posibles bienes de interés cultural en el área metropolitana de Bucaramanga. Para llevar a cabo este análisis microbiológico, se utilizó el Laboratorio de Biología Molecular y Biotecnología de la Universidad de Santander UDES. El muestreo se realizó en la Casa de la Cultura Piedra del Sol, ubicada en Floridablanca, Santander. Se empleó la plataforma MG-RAST para lograr una identificación precisa de los microorganismos hasta nivel de género. Esta identificación se basó en el uso de metadatos detallados que proporcionaban información esencial sobre la muestra analizada, los objetivos del estudio, el lugar exacto de recolección, el tipo de librería utilizada y los genes y regiones secuenciadas. Los análisis se llevaron a cabo mediante el uso de algoritmos basados en similaridad, lo que permitió realizar asignaciones taxonómicas precisas. La concentración de ADN obtenida en el análisis fue de 500 ng/µL. En términos generales, se puede concluir que el biodeterioro que afecta los materiales que forman parte del ecosistema de un bien cultural se define como el proceso en el cual las actividades vitales de los organismos resultan en cambios indeseables en las propiedades de dicho material. Gran parte de la microbiocenosis descrita en este estudio son conocidos por su capacidad de deteriorar diversos materiales entre ellos el concreto. Es importante destacar que en esta investigación se obtuvieron datos veraces y precisos, lo que indica que el proceso de secuenciación se llevó a cabo de manera satisfactoria.
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    Acceso abierto
    Diseño y Evaluación de Oligonucleótidos Para el Clonaje de un Fragmento de ADN Asociado con Lipasas Extracelulares de Candida palmioleophila en el Vector de Expresión pKLAC2
    (Universidad de Santander, 2023-09-16) Rojas-Pérez, Juan David; Valdivieso-Quintero, Wilfredo; Rueda-Forero, Nohora Juliana; Herrera-Pineda, Diego Fernando; Ciencias Básicas y Aplicadas para la Sostenibilidad – CIBAS
    La levadura Candida palmioleophila (C. palmioleophila) es un microorganismo con potencial para la producción de lipasas. Se ha investigado sobre los genes que codifican proteínas con actividad lipolítica en esta levadura, sin embargo, a la fecha se ha expresado solo uno que corresponde a una proteína de alrededor de 27 KDa. El objetivo del presente trabajo es diseñar oligonucleótidos que permitan la amplificación de una secuencia de ADN asociada con lipasas extracelulares de C. palmioleophila para su inserción en vectores de expresión. Para lograr esto, se realizó el diseño de oligonucleótidos que permitan la amplificación del fragmento de interés en este caso un segmento denominado Secuencia 8 (Sec8). Los oligonucleótidos se evaluaron para identificar la especificidad de la amplificación y luego ser usados para reacción en cadena de la polimerasa (RCP) convencional. Se observo una correcta amplificación permitiendo confirmar, que los oligonucleótidos diseñados eran funcionales, así mismo se dio una correcta escisión por parte de las enzimas en el plásmido y en la secuencia, sin embargo, no se logró evidenciar la inserción del fragmento amplificado en el vector de expresión. Aunque no se obtuvieron clones con la secuencia esperada, este trabajo permitió identificar que los oligonucleótidos diseñados permiten la amplificación del fragmento de ADN de la lipasa Seq8.
  • Publicación
    Acceso abierto
    Genetic modification approaches for parasporins bacillus thuringiensis proteins with anticancer activity
    (MDPI, 2021-12-10) Suarez-Barrera, Miguel Orlando; Visser, Lydia; Rondon-Villarreal, Paola; Herrera-Pineda, Diego Fernando; Alarcon-Aldana, Juan S.; Van den Berg, Anke; Orozco, Jahir; Pinzon- Reyes, Efrain-Hernando; Moreno, Ernesto; Rueda Forero, Nohora Juliana; Masira
    Bacillus thuringiensis (Bt) is a bacterium capable of producing Cry toxins, which are recognized for their bio-controlling actions against insects. However, a few Bt strains encode proteins lacking insecticidal activity but showing cytotoxic activity against different cancer cell lines and low or no cytotoxicity toward normal human cells. A subset of Cry anticancer proteins, termed parasporins (PSs), has recently arisen as a potential alternative for cancer treatment. However, the molecular receptors that allow the binding of PSs to cells and their cytotoxic mechanisms of action have not been well established. Nonetheless, their selective cytotoxic activity against different types of cancer cell lines places PSs as a promising alternative treatment modality. In this review, we provide an overview of the classification, structures, mechanisms of action, and insights obtained from genetic modification approaches for PS proteins.