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Title: Identificación de Genes de Lipasas Extracelulares en Candida Palmioleophila y su Relación con Genes Lip2 y Lip6
Authors: Hernández Garnica, Esperanza
metadata.dc.contributor.advisor: Valdivieso Quintero, Wilfredo
Keywords: PCR
Diseño Primers
Genes
Lipasa
Identificación
Design Primers
Genes
Lipase
Identification
Issue Date: 24-Aug-2021
Publisher: Bucaramanga : Universidad de Santander, 2021
Abstract: El objetivo del presente estudio fue identificar secuencias genéticas ortólogas de lipasas extracelulares LIP2 y LIP6 presentes en microorganismos modelo de Candida palmioleophila (Nakase&Itoh 8040), sin embargo, durante el desarrollo de este estudio se incluyó la identificación de secuencias genéticas ortólogas de lipasas extracelulares LIP1. Se estableció una estrategia experimental que incluyó el uso de oligonucleótidos previamente reportados y nueve parejas de oligonucleótidos diseñados (LIP1, LIP2, LIP6), para las amplificaciones se utilizó tanto ADNg como ADNc. Los 61 amplificados obtenidos (14 de C. albicans y 47 de C. palmioleophila) fueron sometidos a secuenciación, de los cuales se obtuvieron 87 secuencias (74 a partir de ADNg y 13 a partir de ADNc), el análisis de los fragmentos depurados para C. palmioleophila permitió identificar tres amplificados (Cp9, Cp39 y Cp47) que presentaron algún grado de homología con secuencias genéticas asociadas a lipasas en GenBank y de estas secuencias genéticas, se obtuvieron tres marcos de lectura (ORF) con algún grado de homología a αβ hidrolasa o lipasas de levaduras en BLASTp, Pfam e InterPro. Las secuencias de nucleótidos Cp9, Cp39, Cp47 y sus respectivos ORF fueron sometidos a un análisis filogenético. Adicionalmente este trabajo permitió obtener información nueva sobre secuencias de ADN putativas para C. palmioleophila, que pudieron ser reportadas en GenBank, permitiendo ampliar el conocimiento que se tiene de este microorganismo.
The objective of the present study was to identify orthologous genetic sequences of extracellular lipases LIP2 and LIP6 present in model microorganisms of Candida palmioleophila (Nakase & Itoh 8040), however, during the development of this study the identification of orthologous genetic sequences of extracellular lipases LIP1 was included. An experimental strategy was established that included the use of previously reported oligonucleotides and nine pairs of designed oligonucleotides (LIP1, LIP2, LIP6), both gDNA and cDNA were used for the amplifications. The 61 amplified obtained (14 from C. albicans and 47 from C. palmioleophila) were subjected to sequencing, of which 87 sequences were obtained (74 from gDNA and 13 from cDNA), the analysis of the purified fragments for C. palmioleophila allowed the identification of three amplified (Cp9, Cp39 and Cp47) that showed some degree of homology with genetic sequences associated with lipases in GenBank and from these genetic sequences, three open reading frame (ORF) with some degree of homology to yeast αβ hydrolase or lipases were obtained in BLASTp, Pfam and InterPro. The nucleotide sequences Cp9, Cp39, Cp47 and their respective ORF were subjected to phylogenetic analysis. Additionally, this work allowed to obtain new information on putative DNA sequences for C. palmioleophila, which could be reported in GenBank, allowing to broaden the knowledge of this microorganism.
Description: Digital
URI: https://repositorio.udes.edu.co/handle/001/5604
Appears in Collections:AGDA. Trabajos de Grado

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